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- PDB-4khw: Ternary complex of RB69 mutant L415F with ribonucleotide at -2 po... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4khw | ||||||
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Title | Ternary complex of RB69 mutant L415F with ribonucleotide at -2 position | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/DNA / RIBONUCLEOTIDE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() bidirectional double-stranded viral DNA replication / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Clausen, A.R. / Pedersen, L.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases. Authors: Clausen, A.R. / Murray, M.S. / Passer, A.R. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 342.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 784.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 56.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4khqC ![]() 4khsC ![]() 4khuC ![]() 4khyC ![]() 4ki4C ![]() 4ki6C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / DNA/RNA hybrid / DNA chain , 3 types, 3 molecules ATP
#1: Protein | Mass: 104689.156 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D327A, D222A, L415F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: DNA/RNA hybrid | Mass: 5566.605 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#3: DNA chain | Mass: 4256.766 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 4 types, 545 molecules ![](data/chem/img/TTP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-TTP / | ||||
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#5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 50 MM TRIS-HCL, 19% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE,, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2010 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.371→50 Å / Num. all: 46949 / Num. obs: 44309 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.453 / % possible all: 98.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.371→44.642 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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