PDB-4khq: Ternary complex of RB69 mutant L415F wit DUMPNPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4khq

タイトル

Ternary complex of RB69 mutant L415F wit DUMPNPP

要素

DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
DNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE/DNA / NUCLEOTIDE / TRANSFERASE-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage RB69 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.186 Å

データ登録者

Clausen, A.R. / Pedersen, L.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
著者: Clausen, A.R. / Murray, M.S. / Passer, A.R. / Pedersen, L.C. / Kunkel, T.A.

履歴

登録	2013年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4khq.cif.gz	432.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4khq.ent.gz	347.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4khq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4khq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4khq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4khsC 4khuC 4khwC 4khyC 4ki4C 4ki6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4khu-d 2ozs-d 3si6-d 4khw-d 3kd5-d 3sq4-d 3nci-d 3lds-d 4m42-d 3ngi-d 4j2d-d 3nhg-d 3qno-d 3cq8-d 3qer-d 3lzj-d 3qei-d 4dtp-d 4du4-d 3nae-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (12) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (9) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (12)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (9)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (5)

登録構造単位

A: DNA polymerase

T: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-3')

P: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.659, 119.360, 128.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DNA polymerase / Gp43 分子量: 104689.156 Da / 分子数: 1 / 変異: D327A, D222A, L415F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ) 遺伝子: 43 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(APCPAPGPGPTPAPAPGPCPAPGPTPCPCPGPCPG)-3') 分子量: 5550.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TEMPLATE STRAND
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPGPGPAPCPTPGPCPTPTPAPCPC)-3') 分子量: 4256.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PRIMER STRAND

-
非ポリマー , 4種, 590分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP 分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₃P₃
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 MM TRIS, PH 7.5, 10% PEG350, 180 MM CALCIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月28日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.186→50 Å / Num. all: 64251 / Num. obs: 64251 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.19→2.24 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / R_sym value: 0.52 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7_650)	モデル構築
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.186→46.236 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	3204	4.99 %
R_work	0.1791	-	-
obs	0.1808	64171	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.271 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.3492 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.2892 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.186→46.236 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7215	649	39	578	8481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8339
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	11485
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.517	2805
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1213
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1374

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1857-2.2183	0.264	105	0.2344	2215	X-RAY DIFFRACTION	84
2.2183-2.2529	0.2892	147	0.2279	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2529-2.2899	0.2928	137	0.2325	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2899-2.3294	0.2653	143	0.2192	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3294-2.3717	0.2856	148	0.2144	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3717-2.4173	0.2327	120	0.2034	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4173-2.4667	0.2711	139	0.2064	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4667-2.5203	0.2589	149	0.2022	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5203-2.5789	0.232	128	0.2087	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5789-2.6434	0.2686	173	0.207	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6434-2.7149	0.2578	145	0.2076	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7149-2.7948	0.2757	140	0.2072	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7948-2.885	0.2224	132	0.2026	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.885-2.988	0.2186	136	0.2116	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.988-3.1077	0.2537	130	0.198	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1077-3.2491	0.2798	129	0.2042	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2491-3.4203	0.2138	142	0.1894	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4203-3.6345	0.2	136	0.177	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6345-3.915	0.1988	148	0.1632	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.915-4.3087	0.1517	147	0.1395	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3087-4.9316	0.1567	143	0.1274	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9316-6.2109	0.1701	160	0.1585	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2109-46.2466	0.2131	127	0.1777	2875	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6361	1.0008	0.0467	4.39	-1.6543	2.1799	0.0772	-0.0356	0.0997	0.1991	-0.2239	-0.5474	-0.1428	0.1854	0.1632	0.2207	-0.0032	0.0229	0.3559	0.0572	0.5468	28.8885	63.0982	33.7896
2	0.7264	0.4215	-0.4508	2.7685	-0.3615	1.9139	-0.0193	-0.0941	-0.0836	0.3722	-0.1945	-0.1146	0.2081	-0.1517	0.2082	0.3073	-0.0157	-0.0785	0.3316	0.014	0.3082	12.5095	30.6041	52.8885
3	1.7169	1.8152	-0.4311	3.1243	0.5397	4.8987	0.1648	-0.2755	0.2518	0.436	-0.1771	-0.1833	-0.3787	0.0285	0.0215	0.3183	-0.0047	-0.0876	0.2944	0.0002	0.3214	15.8975	46.4497	53.4396
4	2.1476	-0.7151	0.8079	1.5884	0.7869	2.9564	0.0173	-0.0932	-0.0894	0.0773	0.0659	0.3276	0.2193	-0.4541	-0.0811	0.2551	0.0077	0.0164	0.2853	0.0363	0.2744	0.2325	35.3351	39.6682
5	0.5847	0.172	0.0643	1.266	-0.275	0.7044	0.0374	0.0042	0.0853	-0.1148	-0.0895	-0.1207	0.1338	0.0021	0.0447	0.2254	0.0273	0.0249	0.2375	-0.0093	0.2363	7.6004	46.1373	29.0318
6	1.359	0.2625	0.2916	2.9209	-0.4894	1.5712	-0.0166	0.2184	-0.1248	-0.4078	0.0194	-0.2292	0.4798	0.1398	-0.0059	0.4592	0.0842	0.1205	0.3663	-0.0111	0.2147	8.6561	42.6494	11.2772
7	1.2721	0.0489	0.0387	1.7242	-0.4051	0.8863	-0.0555	0.3861	-0.0208	-0.68	0.0518	0.1122	0.4225	-0.0292	0.0004	0.5484	-0.0095	-0.0002	0.3465	0.02	0.2196	-0.8723	46.4404	6.5351
8	1.5716	-1.1284	-0.435	1.9204	0.201	1.8286	-0.0087	0.1979	-0.1655	-0.3146	-0.0092	0.1163	0.5537	0.0503	0.029	0.6436	-0.0221	-0.0507	0.3244	0.0066	0.308	-10.4187	34.7743	11.1918
9	1.9528	-0.0994	-0.1551	2.152	0.7331	3.5165	-0.0474	-0.3697	-0.0862	0.1215	0.0314	0.2925	0.1618	-0.1701	0.0191	0.2503	-0.0041	0.0008	0.3175	0.0752	0.3463	-20.0207	38.4303	39.1905
10	3.1769	1.2638	0.5531	2.4314	0.6265	1.8367	-0.2049	0.156	-0.0821	-0.4773	-0.2576	0.3428	-0.0911	-0.3983	0.4615	0.407	-0.0479	-0.0952	0.4994	0.0229	0.5483	-32.3723	34.9102	20.2484
11	2.3804	0.6569	1.4716	3.7253	0.7959	2.8013	-0.0653	0.2944	-0.2684	-0.2539	-0.1238	0.3991	0.8394	0.0728	0.1017	0.4423	0.0838	0.0925	0.7792	0.1861	1.0132	-35.5344	58.0031	30.0529
12	6.567	-2.5224	3.1733	3.657	-0.5767	3.5451	-0.332	1.0388	1.7048	0.2636	0.1068	-0.0138	-0.699	0.0263	0.1529	0.3273	-0.0221	-0.0278	0.5076	0.1416	0.9172	-19.763	60.1828	32.418
13	1.0034	0.4131	-0.1693	0.7904	-0.9477	1.9604	-0.1271	0.1349	0.1376	-0.1441	0.0679	-0.0173	0.2442	-0.369	0.0622	0.2908	-0.019	0.0032	0.3425	0.0302	0.3263	-9.0813	48.5026	26.6218
14	6.4105	-0.8164	0.9596	2.9587	-1.5438	1.1712	-0.0948	-0.6674	0.5428	0.1468	0.0097	-0.0466	-0.0577	-0.0401	0.1086	0.2271	0.0579	0.0663	0.2927	-0.0119	0.2796	-3.0509	56.9984	26.1791
15	6.4547	-1.7432	-4.3964	5.8465	2.142	3.229	-0.5567	0.408	0.3628	0.5844	0.2125	0.4495	0.5007	-1.2196	0.2948	0.3573	0.0095	0.0523	0.4593	0.0669	0.5303	-23.0229	51.5708	32.047
16	4.9504	0.4609	2.6063	1.3783	-0.09	1.4881	-1.2935	0.0534	1.404	0.549	0.251	-0.4909	0.0142	0.5989	0.999	0.4601	0.1865	-0.0124	0.6048	0.0609	0.8598	-37.2461	64.43	32.796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:99)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 100:197)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 198:270)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 271:310)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 311:416)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 417:541)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 542:683)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 684:724)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 725:870)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 871:902)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain P and resid 102:106)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain P and resid 107:110)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain P and resid 111:115)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain T and resid 1:8)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain T and resid 9:12)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain T and resid 13:18)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

-
非ポリマー , 4種, 590分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

-非ポリマー , 4種, 590分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

-
非ポリマー , 4種, 590分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)