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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fk4 | ||||||
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Title | RB69 DNA polymerase ternary complex with dGTP/dG | ||||||
![]() |
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![]() | Transferase/DNA / dGTP/dG / RB69 / RB69 pol / quadruple / Transferase-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() bidirectional double-stranded viral DNA replication / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xia, S. / Wang, J. / Konigsberg, W.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: DNA mismatch synthesis complexes provide insights into base selectivity of a B family DNA polymerase. Authors: Xia, S. / Wang, J. / Konigsberg, W.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 337.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 816.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 58.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4fj5C ![]() 4fj7C ![]() 4fj8C ![]() 4fj9C ![]() 4fjgC ![]() 4fjhC ![]() 4fjiC ![]() 4fjjC ![]() 4fjkC ![]() 4fjlC ![]() 4fjmC ![]() 4fjnC ![]() 4fjxC ![]() 4fk0C ![]() 4fk2C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 104448.867 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D222A, D327A, L415A, L561A, S565G, Y567A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules TP
#2: DNA chain | Mass: 5237.399 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
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#3: DNA chain | Mass: 3951.586 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 3 types, 629 molecules ![](data/chem/img/DGT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-DGT / | ||
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#5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: 150 mM CaCl2, 10% (w/v) PEG 350 monomethyl ether (MME), and 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: APEX II CCD / Detector: CCD / Date: Oct 15, 2011 |
Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 90886 / Num. obs: 86052 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 1.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / % possible all: 96.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.251 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→46.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.936 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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