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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jm8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cytochrome C Peroxidase W191G-Gateless in complex with 2,6-diaminopyridine | ||||||
要素 | Cytochrome c peroxidaseシトクロムcペルオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Model system / bulk solvent / ordered waters / docking / ligand binding (リガンド) / free energy calculation (ギブズ自由エネルギー) / molecular dynamics (分子動力学法) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome-c peroxidase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / cellular response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / heme binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Boyce, S.E. / Fischer, M. / Fish, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013 タイトル: Blind prediction of charged ligand binding affinities in a model binding site. 著者: Rocklin, G.J. / Boyce, S.E. / Fischer, M. / Fish, I. / Mobley, D.L. / Shoichet, B.K. / Dill, K.A. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Docking to a water-filled model binding site in Cytochrome c Peroxidase 著者: Barelier, S. / Boyce, S.E. / Fischer, M. / Fish, I. / Goodin, D.B. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jm8.cif.gz | 172.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jm8.ent.gz | 137.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jm8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jm8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32928.582 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 72-362, deletions G192-A193 / 変異: P190G, W191G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: RM11-1a / 遺伝子: CCP1 CCP CPO YKR066C, SCRG_04081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B3LRE1, シトクロムcペルオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-26D / |
#4: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.84 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Apo crystal grown in 500mM MES, pH 6.0. Soaked into 50mM 2,6-diaminopyridine, 25% MPD pH 4.5 (30min-1h), vapor diffusion, sitting drop, temperature 283K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日 |
放射 | モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→61.08 Å / Num. obs: 98290 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→30.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 0.954 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.38 Å2 / Biso mean: 20.4693 Å2 / Biso min: 7.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→30.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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