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- PDB-4iq2: P21 crystal form of FKBP12.6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iq2
タイトルP21 crystal form of FKBP12.6
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / FKBP12.6
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sequestering of calcium ion / cyclic nucleotide binding / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / neuronal action potential propagation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / response to redox state / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding ...positive regulation of sequestering of calcium ion / cyclic nucleotide binding / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / neuronal action potential propagation / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / response to redox state / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding / negative regulation of heart rate / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / FK506 binding / positive regulation of axon regeneration / : / smooth muscle contraction / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / response to vitamin E / calcium channel inhibitor activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / protein peptidyl-prolyl isomerization / T cell proliferation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / regulation of cytosolic calcium ion concentration / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to hydrogen peroxide / Stimuli-sensing channels / Z disc / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein refolding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
マロン酸 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chen, H. / Mustafi, S.M. / Li, H.M. / LeMaster, D.M. / Hernandez, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and conformational flexibility of the unligated FK506-binding protein FKBP12.6.
著者: Chen, H. / Mustafi, S.M. / LeMaster, D.M. / Li, Z. / Heroux, A. / Li, H. / Hernandez, G.
履歴
登録2013年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4513
ポリマ－23,3472
非ポリマー1041
水4,342241
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7772
ポリマ－11,6731
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6731
ポリマ－11,6731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.061, 49.346, 50.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B / PPIase FKBP1B / 12.6 kDa FK506-binding protein / 12.6 kDa FKBP / FKBP-12.6 / FK506-binding protein ...PPIase FKBP1B / 12.6 kDa FK506-binding protein / 12.6 kDa FKBP / FKBP-12.6 / FK506-binding protein 1B / FKBP-1B / Immunophilin FKBP12.6 / Rotamase / h-FKBP-12


分子量: 11673.307 Da / 分子数: 2 / 変異: C22V, C76I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1B, FKBP12.6, FKBP1L, FKBP9, OTK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68106, プロリルイソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸 / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0 M malonic acid, pH 7.0, 4% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月2日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.232 Å / Num. all: 20138 / Num. obs: 20138 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1549 / Rsym value: 0.51 / % possible all: 77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C9H

1c9h


解像度: 1.7→38.232 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 2000 9.94 %RANDOM
Rwork0.2261 ---
obs0.2285 20126 95.77 %-
all-20138 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.081 Å2 / ksol: 0.419 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4301 Å2-0 Å20.7531 Å2
2---2.9927 Å20 Å2
3----0.4374 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1644 0 7 241 1892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8492267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.839642
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.74260.45781090.4363987X-RAY DIFFRACTION75
1.7426-1.78970.40591330.40331212X-RAY DIFFRACTION90
1.7897-1.84240.41051430.35691289X-RAY DIFFRACTION96
1.8424-1.90180.34131420.33241286X-RAY DIFFRACTION96
1.9018-1.96980.35421440.3061310X-RAY DIFFRACTION97
1.9698-2.04870.33231450.2631317X-RAY DIFFRACTION97
2.0487-2.14190.26891430.24911298X-RAY DIFFRACTION97
2.1419-2.25480.26081460.22631318X-RAY DIFFRACTION98
2.2548-2.39610.24531460.22341322X-RAY DIFFRACTION98
2.3961-2.5810.24591480.22621336X-RAY DIFFRACTION98
2.581-2.84070.27071470.22581347X-RAY DIFFRACTION99
2.8407-3.25160.21181500.20511346X-RAY DIFFRACTION99
3.2516-4.09590.19641500.17051364X-RAY DIFFRACTION100
4.0959-38.2420.19341540.17841394X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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