+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ifn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structures of apo Keap1, Keap1-peptide, and Keap1-compound complexes | ||||||
要素 | kelch-like ECH-associated protein 1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PROTEIN BINDING (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Pan, H. / Lin, M. / Yang, Y. / Callaway, K. / Baker, J. / Diep, L. / Yan, J. / Tanaka, K. / Zhu, Y.L. / Konradi, A.W. ...Pan, H. / Lin, M. / Yang, Y. / Callaway, K. / Baker, J. / Diep, L. / Yan, J. / Tanaka, K. / Zhu, Y.L. / Konradi, A.W. / Jobling, M. / Tam, D. / Ren, Z. / Cheung, H. / Bova, M. / Riley, B.E. / Yao, N. / Artis, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D タイトル: Crystal Structures of apo Keap1, Keap1-peptide, and Keap1-compound complexes 著者: Pan, H. / Lin, M. / Yang, Y. / Callaway, K. / Baker, J. / Diep, L. / Yan, J. / Tanaka, K. / Zhu, Y.L. / Konradi, A.W. / Jobling, M. / Tam, D. / Ren, Z. / Cheung, H. / Bova, M. / Riley, B.E. / ...著者: Pan, H. / Lin, M. / Yang, Y. / Callaway, K. / Baker, J. / Diep, L. / Yan, J. / Tanaka, K. / Zhu, Y.L. / Konradi, A.W. / Jobling, M. / Tam, D. / Ren, Z. / Cheung, H. / Bova, M. / Riley, B.E. / Yao, N. / Artis, D.R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ifn.cif.gz | 66.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4ifn.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ifn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/4ifn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/4ifn | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31828.525 Da / 分子数: 1 / 断片: Kelch domain, UNP residues 321-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-12O / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 0.6 M Sodium Formate, 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Tris pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月30日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→35.28 Å / Num. all: 15724 / Num. obs: 15676 / % possible obs: 96.69 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / % possible all: 99.37 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→35.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 13.232 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.217 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.28 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
|