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- PDB-6v7o: Structural Elucidation of Peptide Binding to KLHL-12, a Substrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v7o
タイトルStructural Elucidation of Peptide Binding to KLHL-12, a Substrate Specific Adapter Protein in a Cul3-Ring E3 Ligase Complex
要素
  • Dvl3-peptide
  • Kelch-like protein 12
キーワードLIGASE / E3 ligase / KLHL-12 / Ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / neural crest formation / positive regulation of neuron projection arborization / non-canonical Wnt signaling pathway / neural crest cell development / COPII vesicle coating / COPII vesicle coat / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway ...Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / neural crest formation / positive regulation of neuron projection arborization / non-canonical Wnt signaling pathway / neural crest cell development / COPII vesicle coating / COPII vesicle coat / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway / WNT mediated activation of DVL / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / protein monoubiquitination / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of GTPase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / regulation of actin cytoskeleton organization / Degradation of DVL / positive regulation of JNK cascade / RHO GTPases Activate Formins / beta-catenin binding / small GTPase binding / centriolar satellite / Wnt signaling pathway / regulation of protein localization / protease binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dishevelled-3 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain ...Dishevelled-3 / Dishevelled protein domain / Dishevelled family / Dishevelled C-terminal / Dishevelled specific domain / Segment polarity protein dishevelled (Dsh) C terminal / Dishevelled-related protein / DIX domain / DIX domain superfamily / DIX domain / DIX domain profile. / Domain present in Dishevelled and axin / Kelch-type beta propeller / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch-like protein 12 / Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhao, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Elucidation of Peptide Binding to KLHL-12, a Substrate Specific Adapter Protein in a Cul3-Ring E3 Ligase Complex.
著者: Zhao, B. / Payne, W.G. / Sai, J. / Lu, Z. / Olejniczak, E.T. / Fesik, S.W.
履歴
登録2019年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like protein 12
B: Kelch-like protein 12
C: Dvl3-peptide
D: Dvl3-peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7144
ポリマ－67,7144
非ポリマー00
水00
1
A: Kelch-like protein 12
C: Dvl3-peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8572
ポリマ－33,8572
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
2
B: Kelch-like protein 12
D: Dvl3-peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8572
ポリマ－33,8572
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.679, 105.124, 63.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 279 through 292 or (resid 293...
21(chain B and (resid 279 through 304 or (resid 305...
12(chain C and resid 679 through 684)
22(chain D and (resid 679 through 681 or (resid 682...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAGLNGLN(chain A and (resid 279 through 292 or (resid 293...AA279 - 29213 - 26
121GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 279 through 292 or (resid 293...AA29327
131ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 279 through 292 or (resid 293...AA279 - 56713 - 301
141ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 279 through 292 or (resid 293...AA279 - 56713 - 301
151ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 279 through 292 or (resid 293...AA279 - 56713 - 301
161ALAALAGLUGLU(chain A and (resid 279 through 292 or (resid 293...AA279 - 56713 - 301
211ALAALAPROPRO(chain B and (resid 279 through 304 or (resid 305...BB279 - 30413 - 38
221LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 279 through 304 or (resid 305...BB30539
231ALAALAGLUGLU(chain B and (resid 279 through 304 or (resid 305...BB279 - 56713 - 301
241ALAALAGLUGLU(chain B and (resid 279 through 304 or (resid 305...BB279 - 56713 - 301
251ALAALAGLUGLU(chain B and (resid 279 through 304 or (resid 305...BB279 - 56713 - 301
261ALAALAGLUGLU(chain B and (resid 279 through 304 or (resid 305...BB279 - 56713 - 301
112PROPROGLYGLY(chain C and resid 679 through 684)CC679 - 6841 - 6
212PROPROALAALA(chain D and (resid 679 through 681 or (resid 682...DD679 - 6811 - 3
222PROPROPROPRO(chain D and (resid 679 through 681 or (resid 682...DD6824
232PROPROGLYGLY(chain D and (resid 679 through 681 or (resid 682...DD679 - 6841 - 6
242PROPROGLYGLY(chain D and (resid 679 through 681 or (resid 682...DD679 - 6841 - 6
252PROPROGLYGLY(chain D and (resid 679 through 681 or (resid 682...DD679 - 6841 - 6

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Kelch-like protein 12 / CUL3-interacting protein 1 / DKIR homolog / hDKIR


分子量: 32905.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHL12, C3IP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53G59
#2: タンパク質・ペプチド Dvl3-peptide


分子量: 951.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92997*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium cacodylate, Sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 11458 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.167 / Rsym value: 0.136 / Net I/σ(I): 5.15
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 554 / CC1/2: 0.659 / Rpim(I) all: 0.236 / Rrim(I) all: 0.392 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VPJ

2vpj


解像度: 2.9→29.368 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 23.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 1150 10.13 %
Rwork0.2071 --
obs0.2119 11347 91.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 53.27 Å2 / Biso mean: 25.319 Å2 / Biso min: 7.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→29.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4297 0 0 0 4297
残基数----580
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1700X-RAY DIFFRACTION4.231TORSIONAL
12B1700X-RAY DIFFRACTION4.231TORSIONAL
21C26X-RAY DIFFRACTION4.231TORSIONAL
22D26X-RAY DIFFRACTION4.231TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9001-3.0320.34471390.2792123388
3.032-3.19170.32911380.2511121388
3.1917-3.39140.29051330.2371124089
3.3914-3.65280.29951470.2188126691
3.6528-4.01950.22631420.1937124290
4.0195-4.59920.19191350.1622121787
4.5992-5.78730.20741580.1741138599
5.7873-29.360.22421580.202140199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4163-0.5207-0.19910.37610.31470.5740.03250.25850.3105-0.28580.1016-0.2017-0.28890.06040.21240.2422-0.00060.0010.2819-0.13570.2838-20.6615.446828.5037
21.5993-0.4231-0.04810.16570.07041.24650.0217-0.33650.1576-0.21110.23070.1055-0.3987-0.05850.4220.1581-0.0462-0.01790.15710.06820.1313-31.188412.893633.1944
30.15480.17330.20460.67240.7060.7446-0.1587-0.08630.0449-0.1337-0.02980.0517-0.2103-0.05290.07590.04740.057-0.040.314-0.04280.2911-32.711512.74237.9467
40.13170.18330.07750.24710.11840.05080.00360.0678-0.1164-0.00170.0120.0802-0.11610.0235-0.4339-0.0174-0.20310.0544-0.06860.23130.0263-39.36214.792430.5336
50.31810.3871-0.30370.5866-0.08470.75330.0261-0.16890.04540.0926-0.3008-0.04370.06650.0098-1.0493-0.01820.0657-0.14580.2673-0.0033-0.0252-39.7642-0.493829.4878
60.01550.05470.0530.20040.28840.7167-0.2072-0.1285-0.2254-0.0877-0.14220.10510.072-0.4018-0.25980.11840.0274-0.00610.1571-0.02930.1854-38.0818-9.367824.7526
70.61-0.4847-0.02091.2699-0.20140.7797-0.13910.1502-0.3234-0.16380.31450.42920.11710.03990.15250.1146-0.0187-0.05020.11580.03240.0965-25.8068-5.787417.0566
80.17180.23010.0350.33510.06120.0333-0.06690.12870.0279-0.15450.0889-0.0434-0.0250.3062-0.27720.14930.05540.00080.31090.0896-0.0097-20.15244.788819.257
90.25290.1548-0.26040.3618-0.09270.2801-0.07830.1355-0.1956-0.4764-0.0262-0.06290.08910.021-0.29250.33630.0347-0.08560.1332-0.06760.2692-14.92083.786320.5997
100.0354-0.0512-0.16870.93640.80141.1333-0.09990.0468-0.1007-0.242-0.35440.345-0.32-0.2782-0.58670.35240.23320.0950.18040.03040.1873-19.584110.590224.4967
110.6877-0.3359-0.09170.4068-0.12030.68410.2680.3709-0.2009-0.0318-0.177-0.02030.1997-0.42760.24920.159-0.06670.09920.3496-0.03910.0587-50.58719.043159.4542
120.92360.4477-0.35480.4516-0.55810.773-0.2884-0.2792-0.2824-0.32150.29620.16320.4-0.164-0.1060.26440.016-0.02990.16870.04630.1449-40.391712.213864.8261
130.1218-0.0079-0.0020.1989-0.04060.00490.00590.26190.0450.0538-0.00720.16010.13430.2369-0.01230.16550.01560.03410.2086-0.00890.1642-36.954715.289269.1823
140.4430.4208-0.03820.5704-0.10760.2708-0.0706-0.33690.08810.0849-0.0613-0.1146-0.10590.1344-0.25650.31250.07260.00720.1664-0.0115-0.0096-33.284324.327562.5047
150.1262-0.02720.03660.35290.04110.09570.0938-0.1369-0.0545-0.08590.0495-0.1071-0.10180.03550.46710.2238-0.03840.18460.2023-0.13030.1478-25.403616.691662.9304
160.2115-0.265-0.13090.3971-0.08460.68320.0203-0.05510.1938-0.2344-0.1999-0.3268-0.18620.2095-0.1690.19960.0560.0240.0594-0.05380.1775-33.618631.904955.7743
170.3436-0.14690.03960.4344-0.00960.17040.21120.24210.1301-0.09680.03980.0592-0.0378-0.00350.34340.07310.0831-0.02430.11670.00160.1755-45.736530.70948.5772
180.14340.0919-0.18180.0543-0.10830.242-0.2083-0.0351-0.00180.10580.04170.25950.1668-0.0376-0.1210.06870.16160.0742-0.0689-0.05820.1357-51.156820.043650.7505
190.01720.01320.02770.3029-0.04230.07750.18170.063-0.0793-0.1243-0.05180.1157-0.1692-0.10450.19170.28350.1775-0.1097-0.0041-0.10830.3468-56.356121.08451.9402
200.41560.354-0.14530.5369-0.76811.6106-0.2089-0.0152-0.2968-0.1964-0.1313-0.07110.54050.1867-0.5245-0.08960.34420.0106-0.0756-0.07750.3058-51.831114.169855.4566
210.00090.0010.00040.0057-0.00160.01260.0128-0.0202-0.0110.08030.02220.09730.0405-0.029-0.00030.69510.0537-0.09880.1810.10530.2681-19.5408-3.784437.4881
220.13260.05950.10960.04660.07850.1333-0.09890.02620.0175-0.01410.0205-0.0247-0.08030.0311-0.0570.38070.0763-0.09530.4625-0.30110.543-51.58929.754867.2942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 279 through 311 )A279 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 312 through 334 )A312 - 334
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 335 through 362 )A335 - 362
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 363 through 384 )A363 - 384
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 385 through 431 )A385 - 431
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 432 through 455 )A432 - 455
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 456 through 503 )A456 - 503
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 504 through 525 )A504 - 525
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 526 through 545 )A526 - 545
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 546 through 567 )A546 - 567
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 279 through 311 )B279 - 311
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 312 through 334 )B312 - 334
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 335 through 372 )B335 - 372
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 373 through 395 )B373 - 395
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 396 through 408 )B396 - 408
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 409 through 456 )B409 - 456
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 457 through 503 )B457 - 503
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 504 through 525 )B504 - 525
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 526 through 545 )B526 - 545
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 546 through 567 )B546 - 567
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 679 through 685 )C679 - 685
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 679 through 684 )D679 - 684

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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