PDB-4i00: Crystal structure of influenza A neuraminidase N3-H274Y complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4i00

タイトル

Crystal structure of influenza A neuraminidase N3-H274Y complexed with zanamivir

要素

Neuraminidase

ノイラミニダーゼ

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR /

neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity /

ノイラミニダーゼ /

viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Li, Q. / Qi, J. / Vavricka, C.J. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Functional and structural analysis of influenza virus neuraminidase N3 offers further insight into the mechanisms of oseltamivir resistance.
著者: Li, Q. / Qi, J. / Wu, Y. / Kiyota, H. / Tanaka, K. / Suhara, Y. / Ohrui, H. / Suzuki, Y. / Vavricka, C.J. / Gao, G.F.

履歴

登録	2012年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4i00.cif.gz	190.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4i00.ent.gz	148.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4i00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/4i00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/4i00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hzvC 4hzwC 4hzxC 4hzyC 4hzzC 2batS 3ckz 4izz C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hzv-1 4hzx-1 3beq-1 4hzy-1 4hzz-1 5nze-2 4hzw-1 5nzf-d 6g01-1 3b7e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (6) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.334, 106.334, 64.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-508- CA
2	1	A-627- HOH
3	1	A-635- HOH
4	1	A-866- HOH
5	1	A-993- HOH

#1: タンパク質

Neuraminidase /

ノイラミニダーゼ

分子量: 43352.707 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 83-469 / 変異: H274Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Cell: Hi5 / 遺伝子: NA / 参照: UniProt: A9YN63

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 糖

ChemComp-ZMR / ZANAMIVIR / 4-GUANIDINO-2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / 4-guanidino-Neu5Ac2en / MODIFIED SIALIC ACID / ザナミビル /

ザナミビル

タイプ: D-saccharide / 分子量: 332.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₀N₄O₇ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 20mM Tris, pH 8.0, 50mM NaCl, 0.1M BIS-TRIS propane (pH 9.0), 10% v/v Jeffamine ED-2001 (pH 7.0), VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月15日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 46217 / Num. obs: 46217 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GUGI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BAT

2bat

解像度: 1.6→33.626 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 17.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1765	2338	5.06 %
R_work	0.1533	-	-
all	0.1545	46217	-
obs	0.1545	46217	96.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.767 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.5274 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.5274 Å²	-0 Å²
3-	-	-	13.0548 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.626 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3041	0	101	409	3551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3237
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19	4392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.671	1214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	561

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5996-1.6322	0.1873	138	0.1685	2457	93
1.6322-1.6677	0.1935	141	0.1707	2471	94
1.6677-1.7065	0.2163	133	0.162	2559	95
1.7065-1.7492	0.2206	137	0.1634	2540	96
1.7492-1.7965	0.182	147	0.1621	2494	96
1.7965-1.8494	0.2158	140	0.1587	2559	97
1.8494-1.909	0.1918	132	0.161	2599	97
1.909-1.9773	0.1872	152	0.1557	2564	98
1.9773-2.0564	0.1884	146	0.1565	2570	97
2.0564-2.15	0.1699	128	0.1602	2637	98
2.15-2.2633	0.2142	148	0.153	2605	99
2.2633-2.4051	0.1696	131	0.1549	2617	98
2.4051-2.5907	0.1785	138	0.1521	2637	99
2.5907-2.8513	0.1775	127	0.1537	2666	99
2.8513-3.2636	0.1577	140	0.152	2633	99
3.2636-4.1107	0.1472	125	0.1346	2640	97
4.1107-33.6332	0.1527	135	0.1383	2631	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -27.7455 Å / Origin y: 0.5775 Å / Origin z: 27.1938 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1118 Å²	0.0005 Å²	0.0414 Å²	-	0.1315 Å²	0.0383 Å²	-	-	0.1605 Å²
L	0.746 °²	-0.1901 °²	0.0717 °²	-	0.6345 °²	0.0102 °²	-	-	0.1275 °²
S	0.042 Å °	-0.0474 Å °	-0.0455 Å °	0.0358 Å °	0.0146 Å °	0.3899 Å °	-0.014 Å °	-0.0266 Å °	0.0121 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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