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- PDB-4izz: Crystal Structure of Fischerella Transcription Factor HetR comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4izz | ||||||
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Title | Crystal Structure of Fischerella Transcription Factor HetR complexed with 21mer DNA target | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | Transcription/DNA / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / helix-turn-helix / DNA-binding domain / transcription factor / Transcription-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() heterocyst development / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Joachimiak, G. / Gornicki, P. / Joachimiak, A. / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of complexes comprised of Fischerella transcription factor HetR with Anabaena DNA targets. Authors: Kim, Y. / Ye, Z. / Joachimiak, G. / Videau, P. / Young, J. / Hurd, K. / Callahan, S.M. / Gornicki, P. / Zhao, J. / Haselkorn, R. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 309.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 248.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 468.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 475.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4j00C ![]() 4j01C ![]() 3qodS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | As in the asymmetric unit |
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Components
#1: Protein | Mass: 35233.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 6448.172 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: the DNA sequence occurs in Anabaena / Source: (synth.) ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 24 % Polyvinylpyrrolidone, 50 mM Hepes pH 8.0, 100 mM sodium chloride, 10 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 2, 2012 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 31681 / Num. obs: 31681 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 58.8 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 15.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1563 / Rsym value: 0.744 / % possible all: 99.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3QOD Resolution: 2.502→30.786 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 25.96 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.502→30.786 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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