PDB-4ct7: CNOT9-CNOT1 complex with bound tryptophan

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ct7

タイトル

CNOT9-CNOT1 complex with bound tryptophan

要素

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
CELL DIFFERENTIATION PROTEIN RCD1 HOMOLOG細胞分化

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / CNOT1-CN9DB-DOMAIN / TRYPTOPHANE / MES

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex /

armadillo repeat domain binding /

CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway /

sex differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.897 Å

データ登録者

Basquin, J. / Ozgur, S. / Conti, E.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural and Biochemical Insights to the Role of the Ccr4-not Complex and Ddx6 ATPase in Microrna Repression.
著者: Mathys, H. / Basquin, J. / Ozgur, S. / Czarnocki-Cieciura, M. / Bonneau, F. / Aartse, A. / Dziembowski, A. / Nowotny, M. / Conti, E. / Filipowicz, W.

履歴

登録	2014年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.2	2014年6月25日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ct7.cif.gz	223.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ct7.ent.gz	177.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ct7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/4ct7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/4ct7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ct4C 4ct5C 4ct6C 4cv5C 2fv2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cru-d 4ct6-d 4crv-d 1u5v-1 5ona-1 3boy-d 6x3c-2 6x3j-2 2qv2-d 6chu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

B: CELL DIFFERENTIATION PROTEIN RCD1 HOMOLOG

ヘテロ分子

58.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.031, 66.984, 72.653
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2183- HOH

#1: タンパク質	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1 / NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 HOMOLOG / NOT1H / HNOT1 / CNOT1-CN9BD 分子量: 27470.666 Da / 分子数: 1 / 断片: CNOT1-CN9BD DOMAIN RESIDUES 1352-1594 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEC_HIS_GST / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: A5YKK6
#2: タンパク質	CELL DIFFERENTIATION PROTEIN RCD1 HOMOLOG / 細胞分化 / RCD-1 / CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 9 / CNOT9 分子量: 30748.760 Da / 分子数: 1 / 断片: CNOT9, RESIDUES 16-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEC_HIS_SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92600
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 20 % PEG 3350, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 50 MM MES PH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月18日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.897→48.27 Å / Num. obs: 54804 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.897→2.11 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FV2

2fv2

解像度: 1.897→48.271 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 26.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2206	5630	5 %
R_work	0.1833	-	-
obs	0.1852	54804	98.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.897→48.271 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3961	0	26	415	4402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4065
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.104	5519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.964	1533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	646
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	705

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8972-1.9187	0.6592	136	0.5681	2574	X-RAY DIFFRACTION	72
1.9187-1.9413	0.4546	185	0.4614	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9413-1.965	0.4506	197	0.3796	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.965-1.9898	0.3575	181	0.3604	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9898-2.016	0.4131	193	0.3246	3696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.016-2.0436	0.2954	181	0.3045	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0436-2.0728	0.3288	195	0.2908	3630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0728-2.1038	0.3342	193	0.287	3645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1038-2.1366	0.2605	188	0.2648	3564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1366-2.1717	0.2745	190	0.2569	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1717-2.2091	0.275	192	0.2484	3610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2091-2.2493	0.2728	193	0.2316	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2493-2.2926	0.3069	186	0.2258	3563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2926-2.3393	0.2585	190	0.216	3638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3393-2.3902	0.2471	188	0.2008	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3902-2.4458	0.2402	191	0.1964	3621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4458-2.507	0.2131	192	0.1885	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.507-2.5748	0.2232	193	0.1878	3588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5748-2.6505	0.2454	188	0.1854	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6505-2.7361	0.2317	190	0.1858	3641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7361-2.8338	0.2564	190	0.1822	3584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8338-2.9473	0.2222	190	0.1843	3582	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9473-3.0814	0.2311	186	0.1819	3609	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0814-3.2438	0.1976	190	0.1818	3613	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2438-3.447	0.232	186	0.173	3562	X-RAY DIFFRACTION	99
3.447-3.7131	0.1927	191	0.1596	3574	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7131-4.0865	0.1756	188	0.1452	3571	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0865-4.6775	0.1848	189	0.1266	3593	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6775-5.8914	0.208	185	0.153	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8914-48.287	0.1468	193	0.1495	3608	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.717	1.7491	-4.1763	4.5446	-1.2093	4.1324	-0.085	-0.2568	-0.6086	0.007	0.0234	0.4758	0.166	-0.3055	0.0839	0.497	-0.0197	-0.1177	0.3725	-0.0357	0.535	24.9289	2.0966	-0.1013
2	3.0128	0.7004	1.8017	1.6874	0.1198	1.5935	0.0139	-0.0553	0.2799	-0.112	-0.0084	0.3922	0.0629	-0.2448	-0.0031	0.2886	-0.0258	-0.0142	0.2464	-0.004	0.3265	37.2681	14.6284	0.1653
3	5.9106	0.7872	0.6864	1.4033	-0.1762	1.1866	0.0627	0.0402	0.0132	-0.2124	0.0095	0.0598	0.1871	0.0116	-0.0602	0.3079	0.0211	-0.0037	0.2044	-0.0401	0.2184	48.9184	12.294	0.2704
4	4.1358	0.3137	-0.6396	2.4656	-0.2927	1.9563	-0.0555	-0.3107	-0.231	0.1441	0.0273	-0.1485	0.1581	0.1319	0.029	0.3057	0.011	0.0054	0.2573	0.033	0.2389	54.057	11.7529	17.1744
5	3.4047	-0.9614	-2.0713	4.8859	1.2457	6.3653	0.0401	-0.3113	0.2236	0.1679	0.0113	0.0235	-0.1299	-0.0072	-0.0337	0.3065	0.0254	0.0359	0.2862	-0.0472	0.2887	40.8778	33.3494	31.2484

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1352 THROUGH 1386 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 1387 THROUGH 1476 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 1477 THROUGH 1588 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 16 THROUGH 148 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 149 THROUGH 284 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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