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- PDB-3uts: 1E6-A*0201-ALWGPDPAAA Complex, Monoclinic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uts
タイトル1E6-A*0201-ALWGPDPAAA Complex, Monoclinic
要素
  • 1E6 TCR Alpha Chain
  • 1E6 TCR Beta Chain
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Insulinインスリン
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Major Histocompatibility Complex (主要組織適合遺伝子複合体) / Human Leukocyte antigen (ヒト白血球型抗原) / Type I Diabetes (1型糖尿病) / T cell Receptor (T細胞受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of respiratory burst / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of dendritic spine maintenance / alpha-beta T cell activation / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / negative regulation of acute inflammatory response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / fatty acid homeostasis / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / endoplasmic reticulum exit site / regulation of protein localization to plasma membrane / beta-2-microglobulin binding / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / TAP binding / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / 小胞 / positive regulation of protein autophosphorylation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / detection of bacterium / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of brown fat cell differentiation / activation of protein kinase B activity / T cell receptor binding / positive regulation of glycolytic process / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / early endosome lumen / positive regulation of receptor binding / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Regulation of insulin secretion / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of cell differentiation / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / regulation of synaptic plasticity / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / wound healing / negative regulation of forebrain neuron differentiation / insulin receptor binding / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / negative regulation of protein catabolic process / MHC class I peptide loading complex / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / HFE-transferrin receptor complex
類似検索 - 分子機能
インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
インスリン / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.712 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Sewell, A.K. / Bulek, A.M.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the killing of human beta cells by CD8(+) T cells in type 1 diabetes.
著者: Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Skowera, A. / Dolton, G. / Gras, S. / Madura, F. / Fuller, A. / Miles, J.J. / Gostick, E. / Price, D.A. / Drijfhout, J.W. / Knight, R.R. / Huang, G.C. / Lissin, N. ...著者: Bulek, A.M. / Cole, D.K. / Skowera, A. / Dolton, G. / Gras, S. / Madura, F. / Fuller, A. / Miles, J.J. / Gostick, E. / Price, D.A. / Drijfhout, J.W. / Knight, R.R. / Huang, G.C. / Lissin, N. / Molloy, P.E. / Wooldridge, L. / Jakobsen, B.K. / Rossjohn, J. / Peakman, M. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K.
履歴
登録2011年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Insulin
D: 1E6 TCR Alpha Chain
E: 1E6 TCR Beta Chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Insulin
I: 1E6 TCR Alpha Chain
J: 1E6 TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,25714
ポリマ－190,87610
非ポリマー3804
水1,62190
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Insulin
D: 1E6 TCR Alpha Chain
E: 1E6 TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6307
ポリマ－95,4385
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Insulin
I: 1E6 TCR Alpha Chain
J: 1E6 TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6267
ポリマ－95,4385
非ポリマー1882
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.680, 84.590, 126.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC Class I Heavy Chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 1E6 TCR Alpha Chain


分子量: 22613.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3
#5: タンパク質 1E6 TCR Beta Chain


分子量: 28026.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド Insulin / インスリン


分子量: 968.063 Da / 分子数: 2
断片: Pre-pro-insulin Derived Peptide (UNP residues 15-24)
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308

-
非ポリマー , 3種, 94分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Bis-tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.712→63.14 Å / Num. all: 53477 / Num. obs: 53477 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.712-2.784.20.70611631038940.70699.4
2.78-2.864.20.5841.21623638580.58499.6
2.86-2.944.20.4341.71578137460.43499.5
2.94-3.034.20.3332.21526436360.33399.7
3.03-3.134.20.2492.91490135410.24999.9
3.13-3.244.20.2073.51425534060.20799.7
3.24-3.364.20.1574.71367632670.15799.5
3.36-3.54.20.1315.61328231960.13199.6
3.5-3.664.10.0987.51246730280.09899.7
3.66-3.834.10.0848.71175828920.08499.3
3.83-4.0440.07210.11098927280.07297.7
4.04-4.2940.0611.91029825720.0698.5
4.29-4.5840.05212.9982424360.05298.8
4.58-4.9540.04914937823210.04999.6
4.95-5.4240.04913.8839321170.04999.7
5.42-6.064.10.04913.8793919300.04999.6
6.06-74.20.04814.3709117070.048100
7-8.574.10.03916.8597614540.03999.5
8.57-12.1340.03121.1452611260.03199.3
12.13-63.143.70.03119.823076220.03196.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
GDAデータ収集
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.712→63.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / WRfactor Rfree: 0.2691 / WRfactor Rwork: 0.2012 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.49 / FOM work R set: 0.8222 / SU B: 33.107 / SU ML: 0.324 / SU R Cruickshank DPI: 0.3302 / SU Rfree: 0.3837 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2691 2715 5.1 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2046 53460 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 182.01 Å2 / Biso mean: 60.0573 Å2 / Biso min: 9.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å2-0.35 Å2
2--3.66 Å20 Å2
3----3.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.712→63.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13430 0 21 90 13541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02113842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2441.93518802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.744322871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.47451657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.35223.681709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.932152237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.50315103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02115539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.022972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.15828329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.47223319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.801313454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.46345513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.02765348
LS精密化 シェル解像度: 2.712→2.782 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 174 -
Rwork0.325 3713 -
all-3887 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.99140.9526-0.66422.86631.55585.01-0.14130.62990.1949-0.0951-0.04850.22740.0055-0.59540.18970.0315-0.03090.02120.1572-0.01160.071349.212211.247312.3751
28.0061-5.7335-2.93496.05911.31962.8463-0.1670.23410.23360.24060.36310.1654-0.3725-0.1191-0.19610.1743-0.07470.00150.5155-0.03610.370514.53715.05519.4774
38.50054.6071-3.08686.6096-1.82565.843-0.0287-0.0747-0.13230.5227-0.55580.51230.518-0.53530.58460.2277-0.13520.21960.1367-0.14340.216829.9632.097929.105
45.91991.1766-4.82022.4867-1.478.38140.05180.47020.2061-0.4029-0.10170.1184-0.1391-0.64490.04990.15940.0036-0.03190.158-0.04410.06770.75259.3747-12.8249
57.03161.4007-0.19568.3564-1.069510.11850.07320.33760.03850.106-0.0863-0.1446-0.07080.42980.01310.0733-0.02940.06870.2897-0.02880.0721100.85662.2435-27.4592
68.485-3.1464-1.96822.4150.45256.5036-0.2318-0.5265-0.3722-0.08190.2174-0.02030.87060.65450.01450.20340.04030.05480.1044-0.01030.057377.63280.41527.0685
76.13012.4776-3.26045.1046-3.23118.6493-0.0426-0.5063-0.20720.21040.0731-0.0658-0.04210.9966-0.03060.17360.1379-0.03570.3974-0.14750.1261103.41190.4531-10.1944
84.6625-1.16241.55854.17221.9815.449-0.2083-0.5935-0.1616-0.0190.08590.323-0.2658-0.60140.12240.11240.1033-0.08710.1521-0.04010.109555.222340.295950.9855
910.33824.60375.47184.29192.226310.34340.1139-0.9414-0.61330.2635-0.24810.59331.3119-1.43730.13430.36020.12550.0510.9702-0.00290.905419.970237.251646.0196
107.6482-4.83922.26717.4248-2.19065.08830.01130.1018-0.079-0.2382-0.09810.5393-0.1991-0.42490.08690.29190.1184-0.21140.1914-0.10420.270135.416649.478534.6755
113.0427-0.64392.26731.4285-1.9069.4698-0.0343-0.3359-0.18450.2718-0.1582-0.0148-0.0593-0.45690.19250.1345-0.03520.00390.1407-0.02890.099177.023341.640575.9443
125.88480.8486-0.38643.82030.00969.71170.094-0.66370.2522-0.0933-0.13980.1098-0.3693-0.17560.04580.09110.001-0.05420.2466-0.00690.0779107.020247.797390.7779
138.87062.9051.89383.00340.15634.2985-0.09920.31550.35390.1833-0.0606-0.203-0.57280.15640.15980.15990.0246-0.05150.06370.02870.065984.208949.739855.7642
144.3185-1.93642.17466.3929-3.12847.82420.05740.10760.0681-0.1234-0.063-0.01650.06760.49020.00550.0966-0.05280.01820.0727-0.03190.0716110.114348.514373.3975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D3 - 110
6X-RAY DIFFRACTION5D115 - 200
7X-RAY DIFFRACTION6E1 - 110
8X-RAY DIFFRACTION7E115 - 241
9X-RAY DIFFRACTION8F1 - 180
10X-RAY DIFFRACTION8H1 - 9
11X-RAY DIFFRACTION9F181 - 276
12X-RAY DIFFRACTION10G0 - 99
13X-RAY DIFFRACTION11I3 - 110
14X-RAY DIFFRACTION12I115 - 200
15X-RAY DIFFRACTION13J1 - 110
16X-RAY DIFFRACTION14J115 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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