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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3upw | ||||||
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タイトル | Pichia Stipitis OYE2.6 complexed with nicotinamide | ||||||
要素 | Old Yellow Enzyme 2.6 (OYE2.6), NADPH dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / OYE / old yellow enzyme / FMN / Alkene Reductase / assymetric alkene reduction / OYE1 homologue / TIM Barrel / NADPH Oxidoreductase / NAD(P)H | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Scheffersomyces stipitis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.781 Å | ||||||
データ登録者 | Pompeu, Y.A. / Stewart, J.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2012 タイトル: Structural and Catalytic Characterization of Pichia stipitis OYE 2.6, a Useful Biocatalyst for Asymmetric Alkene Reductions 著者: Pompeu, Y.A. / Sullivan, B. / Walton, A.Z. / Stewart, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3upw.cif.gz | 110 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3upw.ent.gz | 81.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3upw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3upw_validation.pdf.gz | 844.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3upw_full_validation.pdf.gz | 847.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3upw_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3upw_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 45295.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis (菌類) / 株: ATCC 58785 / CBS 6054 / NBRC 10063 / NRRL Y-11545 / 遺伝子: OYE2.6, PICST_44614 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A3LT82, NADPH dehydrogenase |
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-非ポリマー , 5種, 454分子
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NCA / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.29 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4M Na Malonate, 2%iPrOH, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.99 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月15日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 54454 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 22.44 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 37.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1786 / Rsym value: 0.55 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1OYA 解像度: 1.781→44.241 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.738 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.781→44.241 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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