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- PDB-3t8j: Structural analysis of thermostable S. solfataricus pyrimidine-sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t8j
タイトルStructural analysis of thermostable S. solfataricus pyrimidine-specific nucleoside hydrolase
要素Purine nucleosidase, (IunH-1)プリンヌクレオシダーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Nucleoside hydrolase / thermostable protein (耐熱性) / Open (alpha / beta) structure / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / NH-fold / Nucleotide metabolism (ヌクレオチド) / N-glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


プリンヌクレオシダーゼ / purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Purine nucleosidase, putative (IunH-1)
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Minici, C. / Cacciapuoti, G. / De Leo, E. / Porcelli, M. / Degano, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: New Determinants in the Catalytic Mechanism of Nucleoside Hydrolases from the Structures of Two Isozymes from Sulfolobus solfataricus.
著者: Minici, C. / Cacciapuoti, G. / De Leo, E. / Porcelli, M. / Degano, M.
#1: ジャーナル: Febs J. / 年: 2008
タイトル: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase from the archaeon Sulfolobus solfataricus--biochemical characterization and homology modeling.
著者: Porcelli, M. / Concilio, L. / Peluso, I. / Marabotti, A. / Facchiano, A. / Cacciapuoti, G.
履歴
登録2011年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleosidase, (IunH-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2722
ポリマ－35,2491
非ポリマー231
水2,900161
1
A: Purine nucleosidase, (IunH-1)
ヘテロ分子

A: Purine nucleosidase, (IunH-1)
ヘテロ分子

A: Purine nucleosidase, (IunH-1)
ヘテロ分子

A: Purine nucleosidase, (IunH-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0908
ポリマ－140,9984
非ポリマー924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/31
Buried area8930 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area42760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.940, 194.940, 42.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Purine nucleosidase, (IunH-1) / プリンヌクレオシダーゼ


分子量: 35249.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: iunH-1, SSO0505 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97ZS5, プリンヌクレオシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM Bicine, 1.5 M Ammonium sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月28日
放射モノクロメーター: Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 63536 / Num. obs: 63536 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.745 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 35.64
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.70.31911.91199539103731100
1.7-1.80.22116.6616612082331100
1.8-20.13624.36249454119471100
2-2.50.09339.9541545215823199.9
2.5-30.08155.52821667059199.9
3-40.05965.562234285695199.9
4-60.04670.388273130151100
6-100.03674.732014310581100
10-1000.04473.295361333198.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T8I

3t8i


解像度: 1.6→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.147 / SU ML: 0.035 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1704 3224 5.1 %RANDOM
Rwork0.1558 ---
all0.1565 63536 --
obs0.1565 63536 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.17 Å2 / Biso mean: 30.1405 Å2 / Biso min: 12.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0.31 Å20 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 1 161 2646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222618
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.9533579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93334264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2175331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.6725.246122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58515465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7551511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7041.51591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2151.5637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27822606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0931027
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3564.5964
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.16 223 -
Rwork0.155 4401 -
all-4624 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16390.2875-0.07570.18780.01870.5902-0.0421-0.1466-0.08440.027-0.0058-0.06140.00550.11890.04780.0617-0.0225-0.00150.15840.0170.0357-16.16583.2822.776
21.77450.73751.16791.35510.94661.35220.0728-0.26470.02110.1522-0.1116-0.0738-0.01750.06480.03880.0756-0.0574-0.02950.24290.01710.0357-13.97586.3311.804
30.92340.2857-0.12610.4652-0.13060.5142-0.02460.0825-0.0814-0.028-0.0034-0.05470.00830.0380.0280.0701-0.02240.00220.13720.00480.0272-24.11181.478-8.182
44.68690.539-0.7483.1197-0.10431.60080.0962-0.4271-0.62990.2502-0.248-0.32620.14610.06680.15180.0949-0.0274-0.03240.15250.1310.1401-17.54564.8411.155
51.58250.30120.10860.3692-0.1690.572-0.05170.1633-0.1544-0.1060.0325-0.0720.1220.01730.01910.0932-0.03570.02420.1148-0.01650.0452-29.78271.729-12.126
69.0865.00295.34794.53572.49787.91110.03490.0919-0.66850.0269-0.0745-0.56020.21370.50730.03970.01870.04360.04580.12290.10030.2784-8.60464.7581.1
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 78
2X-RAY DIFFRACTION1A401
3X-RAY DIFFRACTION2A79 - 99
4X-RAY DIFFRACTION3A100 - 195
5X-RAY DIFFRACTION4A196 - 234
6X-RAY DIFFRACTION5A235 - 296
7X-RAY DIFFRACTION6A297 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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