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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sl8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of PDE4D2 with compound 10o | ||||||
要素 | cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D | ||||||
キーワード | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / catalytic mechanism (酵素反応) / cAMP hydrolysis / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / voltage-gated calcium channel complex / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / calcium channel regulator activity / cAMP-mediated signaling / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Feil, S.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011 タイトル: Thiophene inhibitors of PDE4: Crystal structures show a second binding mode at the catalytic domain of PDE4D2. 著者: Nankervis, J.L. / Feil, S.C. / Hancock, N.C. / Zheng, Z. / Ng, H.L. / Morton, C.J. / Holien, J.K. / Ho, P.W. / Frazzetto, M.M. / Jennings, I.G. / Manallack, D.T. / Martin, T.J. / Thompson, P.E. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sl8.cif.gz | 282.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sl8.ent.gz | 228.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sl8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3sl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/3sl8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN |
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41523.887 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 381-741 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star Rosetta 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase |
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-非ポリマー , 7種, 284分子
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-JN7 / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 25% (v/v) ethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol, 100 mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: K-B pair of biomorph mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 53415 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 46.462 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.763 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8078 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.818 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.82 Å2 / Biso mean: 43.0122 Å2 / Biso min: 12.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.763 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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