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- PDB-3sfv: Crystal structure of the GDP-bound Rab1a S25N mutant in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sfv
タイトルCrystal structure of the GDP-bound Rab1a S25N mutant in complex with the coiled-coil domain of LidA from Legionella pneumophila
要素
  • LidA protein, substrate of the Dot/Icm systemリダ
  • Ras-related protein Rab-1A
キーワードprotein transport/protein binding / LidA-Rab Complex / Coiled-coil domain (コイルドコイル) / Type IV effector protein from legionella / GDP Binding / protein transport-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / melanosome transport / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / melanosome transport / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / transport vesicle membrane / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / 細胞内膜系 / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / substrate adhesion-dependent cell spreading / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / オートファジー / エンドサイトーシス / メラノソーム / 遊走 / エンドソーム / defense response to bacterium / cadherin binding / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular exosome / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #390 / Helix Hairpins - #2010 / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Helix Hairpins / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Β-ラクタマーゼ / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ ...Beta-Lactamase - #390 / Helix Hairpins - #2010 / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Helix Hairpins / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Β-ラクタマーゼ / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Helix non-globular / Rab subfamily of small GTPases / Special / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Ras-related protein Rab-1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Yin, K. / Lu, D. / Zhu, D. / Zhang, H. / Li, B. / Xu, S. / Gu, L.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structural Insights into a Unique Legionella pneumophila Effector LidA Recognizing Both GDP and GTP Bound Rab1 in Their Active State
著者: Cheng, W. / Yin, K. / Lu, D. / Li, B. / Zhu, D. / Chen, Y. / Zhang, H. / Xu, S. / Chai, J. / Gu, L.
履歴
登録2011年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-1A
B: LidA protein, substrate of the Dot/Icm system
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1113
ポリマ－60,6682
非ポリマー4431
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.314, 54.673, 61.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-1A / YPT1-related protein


分子量: 20466.213 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-176 / 変異: S25N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1A / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62820
#2: タンパク質 LidA protein, substrate of the Dot/Icm system / リダ


分子量: 40201.562 Da / 分子数: 1 / 断片: Coiled-coil domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: Corby / 遺伝子: lidA / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5IFX1
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 28% Jeffamin ED-2001, 0.1M sodium citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 55418 / Num. obs: 55418 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 5.42 / Num. unique all: 5457 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2FOL

2fol


解像度: 1.73→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 22.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 1918 3.6 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
all0.1932 55418 --
obs0.1932 53216 95.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.134 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 62.88 Å2 / Biso mean: 24.07 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6673 Å20 Å2-0 Å2
2--6.3512 Å2-0 Å2
3----4.684 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4233 0 28 389 4650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.965836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2081670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7296-1.77280.28031240.22733405352990
1.7728-1.82070.25181330.20913498363193
1.8207-1.87430.24511260.19783488361493
1.8743-1.93480.26421290.19683503363294
1.9348-2.00390.25521310.19313575370695
2.0039-2.08410.26491350.19533527366294
2.0841-2.1790.24141340.18523658379296
2.179-2.29380.21531410.18193694383597
2.2938-2.43740.22841400.1823675381597
2.4374-2.62550.22931430.1983746388998
2.6255-2.88940.25561410.20913766390798
2.8894-3.30690.22031440.20283825396999
3.3069-4.16410.18271440.173838904034100
4.1641-27.60560.23191530.191540484201100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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