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Yorodumi- PDB-6c0e: Crystal Structure of Isocitrate Dehydrogenase from Legionella pne... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c0e | ||||||
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Title | Crystal Structure of Isocitrate Dehydrogenase from Legionella pneumophila with bound NADPH with an alpha-ketoglutarate adduct | ||||||
Components | Isocitrate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Isocitrate dehydrogenase / 2-oxoglutarate / ketoglutarate / NADPH / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Isocitrate Dehydrogenase from Legionella pneumophila with bound NADPH with an ??-ketoglutarate adduct Authors: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c0e.cif.gz | 357.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c0e.ent.gz | 289.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c0e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c0e_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6c0e_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 6c0e_validation.xml.gz | 42.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6c0e_validation.cif.gz | 62.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1pb1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46123.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: icd, lpg0816 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q5ZXB6, isocitrate dehydrogenase (NADP+) #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: LepnA.00092.a.B1.PW38312 at 23.72 mg/ml, protein was incubated with 3 mM NADP and ??-ketoglutarate, then mixed 1:1 with Morpheus(h1): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M ...Details: LepnA.00092.a.B1.PW38312 at 23.72 mg/ml, protein was incubated with 3 mM NADP and ??-ketoglutarate, then mixed 1:1 with Morpheus(h1): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M MES/imidazole, pH = 6.5, 0.02 M each sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine, DL-serine. Tray: 294280h1. Puck: tcq3-8. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2017 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→35.959 Å / Num. obs: 88456 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 4.096 % / Biso Wilson estimate: 20.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 17.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1PB1 Resolution: 1.7→35.959 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.45 Å2 / Biso mean: 29.0052 Å2 / Biso min: 9.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→35.959 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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