PDB-3ruw: Crystal structure of Cpn-rls in complex with ADP-AlFx from Methan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ruw

タイトル

Crystal structure of Cpn-rls in complex with ADP-AlFx from Methanococcus maripaludis

要素

Chaperonin

キーワード

CHAPERONE / double-ring / protein folding machinery / group II chaperonin / ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperonin-containing T-complex / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanococcus maripaludis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.702 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Mechanism of nucleotide sensing in group II chaperonins.
著者: Pereira, J.H. / Ralston, C.Y. / Douglas, N.R. / Kumar, R. / Lopez, T. / McAndrew, R.P. / Knee, K.M. / King, J.A. / Frydman, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2011年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ruw.cif.gz	772.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ruw.ent.gz	646 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ruw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ruw_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ruw_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3ruw_validation.xml.gz	71.9 KB	表示
CIF形式データ	3ruw_validation.cif.gz	96.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ruqC 3rusC 3ruvC 3kfbS 3kfe 3kfk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rus-1 3ruv-1 4v8r-2 4v81-2 4v94-2 1q3r-1 3ruq-1 5246 5645 7lum-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (6) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

A: Chaperonin

B: Chaperonin

C: Chaperonin

D: Chaperonin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
941 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.552, 184.464, 185.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-569- HOH
2	1	D-560- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Chaperonin / Cpn 分子量: 58115.105 Da / 分子数: 4 / 変異: T327A,N328A,K330A,D331A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8

-
非ポリマー , 5種, 136分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム分子量: 83.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 76364 / Num. obs: 76234 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KFB

3kfb

解像度: 2.702→48.972 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	3536	5.04 %
R_work	0.1724	-	-
obs	0.1751	70203	91.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.661 Å² / k_sol: 0.313 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.5372 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.5726 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.0354 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.702→48.972 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15436	0	168	116	15720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15692
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961	20972
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.937	5956
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	2556
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2712

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7021-2.7391	0.3647	111	0.2786	2171	X-RAY DIFFRACTION	76
2.7391-2.7783	0.3474	126	0.2649	2312	X-RAY DIFFRACTION	81
2.7783-2.8197	0.3758	110	0.249	2377	X-RAY DIFFRACTION	82
2.8197-2.8638	0.3195	134	0.2412	2344	X-RAY DIFFRACTION	82
2.8638-2.9107	0.3028	144	0.229	2454	X-RAY DIFFRACTION	86
2.9107-2.9609	0.3011	126	0.2329	2428	X-RAY DIFFRACTION	84
2.9609-3.0147	0.3136	126	0.2358	2464	X-RAY DIFFRACTION	86
3.0147-3.0727	0.3028	125	0.2195	2558	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0727-3.1354	0.2856	150	0.2259	2548	X-RAY DIFFRACTION	89
3.1354-3.2036	0.2957	118	0.2259	2633	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2036-3.2781	0.2487	142	0.215	2653	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2781-3.3601	0.2835	164	0.2007	2653	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3601-3.4509	0.246	125	0.1944	2736	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4509-3.5524	0.2475	146	0.1942	2754	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5524-3.667	0.2378	121	0.1872	2814	X-RAY DIFFRACTION	96
3.667-3.798	0.2392	138	0.173	2790	X-RAY DIFFRACTION	97
3.798-3.95	0.2355	161	0.1581	2815	X-RAY DIFFRACTION	96
3.95-4.1297	0.1928	166	0.1395	2764	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1297-4.3473	0.1782	148	0.1231	2839	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3473-4.6195	0.1698	164	0.1199	2839	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6195-4.9759	0.1564	162	0.1218	2876	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9759-5.476	0.2176	158	0.1555	2895	X-RAY DIFFRACTION	99
5.476-6.267	0.2543	161	0.187	2911	X-RAY DIFFRACTION	99
6.267-7.8904	0.176	152	0.1484	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8904-48.9804	0.1893	158	0.162	3075	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9683	0.2796	-0.0801	1.1385	-0.1018	0.7859	0.2196	0.0703	0.0806	0.038	-0.0734	-0.0168	-0.2367	0.0108	-0.0337	0.0432	0.0708	-0.0394	0.1043	0.0382	0.0442	116.326	-14.1778	41.2147
2	1.1262	-0.1372	0.2624	0.0286	-0.0117	0.144	0.3814	0.0251	-0.3177	-0.0428	-0.0464	-0.0212	0.1689	0.0338	-0.1167	0.1206	0.2045	-0.2175	-0.1838	0.3532	-0.0101	100.5098	-34.1371	50.951
3	0.1523	0.1745	0.1624	0.7949	0.7133	0.599	0.0269	0.026	0.0284	-0.178	0.1416	-0.4192	0.0102	-0.0026	-0.1396	0.3537	0.0065	-0.0685	0.2528	0.0083	0.5279	84.9798	-58.9385	35.3751
4	0.8821	-0.1148	0.056	0.4971	0.0109	0.4509	0.0571	-0.0832	0.1791	0.0388	-0.0579	-0.0194	0.1245	0.0151	0.0116	0.1101	0.0138	0.0153	0.183	0.022	0.113	76.8443	-14.2948	53.7805
5	0.1177	-0.0262	0.163	0.1495	0.0004	0.2062	0.0671	-0.0903	-0.085	0.0267	-0.1039	0.0739	0.0561	-0.0707	-0.0185	0.2597	-0.0504	-0.0284	0.2859	0.125	0.3327	58.8467	-34.1995	49.5506
6	0.1237	-0.2254	-0.0781	0.517	0.336	0.3322	0.0923	-0.0009	0.0293	-0.065	0.0149	-0.3751	0.0314	0.0215	-0.089	0.3492	-0.0081	-0.0245	0.2754	0.0549	0.49	59.0957	-58.9808	27.4147
7	0.8434	0.217	0.1806	0.9743	0.2901	0.6063	-0.2999	-0.1526	0.2495	0.0438	-0.0047	-0.0359	-0.1469	0.0013	0.0783	-0.0178	-0.0048	0.096	0.1603	0.0784	0.0383	39.9402	-14.3306	34.9137
8	0.2405	0.1634	-0.3239	0.2631	-0.3764	0.8295	-0.1249	0.0007	-0.2049	-0.1158	-0.1358	-0.0466	0.1621	0.0018	0.1274	0.2653	-0.0702	0.0552	0.17	0.0259	0.2379	29.9899	-34.1978	19.1518
9	0.5362	-0.6721	-0.1462	0.8069	0.2042	0.2024	-0.2023	0.0057	0.0658	0.6008	0.0752	-0.2424	-0.0716	0.0324	0.0776	0.721	0.0293	-0.0508	0.3187	-0.0073	0.442	45.7609	-58.9742	3.7168
10	0.7764	-0.1852	-0.0473	0.2867	-0.1036	0.7056	0.0041	0.0058	-0.1466	0.0023	-0.0353	0.0452	-0.2087	-0.0701	0.0165	0.1781	-0.0234	-0.0067	0.2514	0.0244	0.1529	27.0887	-14.2713	-4.5014
11	1.0286	0.2976	-0.4856	0.3479	0.0477	0.4142	-0.0614	0.032	-0.2873	0.1079	-0.0929	-0.0531	0.0873	-0.0413	0.084	0.3275	-0.1007	0.0102	0.257	-0.0459	0.3033	31.3698	-34.1264	-22.5191
12	1.3168	-0.9339	0.2917	0.6593	-0.2893	0.242	-0.0178	0.0813	-0.0168	0.366	-0.0033	0.1378	-0.0082	-0.0103	0.0246	0.485	0.0072	0.0471	0.3196	0.0111	0.4744	53.6989	-58.9348	-22.2532

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 4:141 or resid 400:519)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 362:399 or resid 142:210)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 211:361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 4:141 or resid 400:519)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 362:399 or resid 142:210)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 211:361
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and (resid 4:141 or resid 400:519)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and (resid 362:399 or resid 142:210)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resid 211:361
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and (resid 4:141 or resid 400:519)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and (resid 362:399 or resid 142:210)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resid 211:361

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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