PDB-3qj7: Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Thymidylate s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qj7

タイトル

Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Thymidylate synthase (ThyA) bound to dUMP

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Thymidilate synthase /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

dUMP catabolic process /

thymidylate synthase /

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process /

メチル化 / response to antibiotic /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.504 Å

データ登録者

Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Harshbarger, W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of binary and ternary complexes of thymidylate synthase (ThyA) from Mycobacterium tuberculosis: insights into the selectivity and mode of inhibition
著者: Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Harshbarger, W. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2011年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qj7.cif.gz	429.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qj7.ent.gz	351 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/3qj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/3qj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fqsC 1bidS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ftn-1 1qqq-2 1jg0-d 1fp6-2 1evg-1 1tsn-1 1bq2-1 1evf-1 1kce-d 4isk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.956, 84.850, 130.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 131.210, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-1567- HOH

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / / TS / TSase 分子量: 29971.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: MT2834, MTV002.29c, thyA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P67044, UniProt: P9WFR9*PLUS, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP / デオキシウリジン一リン酸分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% Peg 3k, 100mM Tris, 200mM NaCl, spermine additive, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97932 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月21日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97932 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 52086 / Num. obs: 52086 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.134 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_sym value: 0.066 / Χ²: 2.404 / Net I/σ(I): 19.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
2.5-2.54	3.7	0.371	4.53	2622	0.371	1.596	99.7
2.54-2.59	3.8	0.331	5.12	2552	0.331	1.615	99.6
2.59-2.64	3.8	0.294	5.79	2582	0.294	1.636	99.7
2.64-2.69	3.8	0.266	6.99	2564	0.266	1.925	99.9
2.69-2.75	3.8	0.217	8.24	2617	0.217	1.809	99.5
2.75-2.82	3.8	0.194	9.59	2612	0.194	1.881	99.7
2.82-2.89	3.9	0.17	11.34	2544	0.17	1.948	99.5
2.89-2.96	3.9	0.148	13.4	2617	0.148	1.994	99.7
2.96-3.05	3.9	0.124	16.24	2564	0.124	2.131	99.6
3.05-3.15	3.9	0.113	19.29	2621	0.113	2.37	100
3.15-3.26	3.9	0.093	24.76	2591	0.093	2.539	99.9
3.26-3.39	4	0.08	30.43	2614	0.08	2.821	100
3.39-3.55	3.9	0.075	33.25	2587	0.075	3.008	99.8
3.55-3.73	3.9	0.068	38.31	2599	0.068	3.455	99.9
3.73-3.97	3.9	0.062	41.04	2613	0.062	3.133	99.7
3.97-4.27	4	0.055	46.9	2620	0.055	3.088	100
4.27-4.7	4.1	0.05	52.44	2616	0.05	3.162	100
4.7-5.38	4.1	0.048	50.15	2632	0.048	2.824	100
5.38-6.78	4.1	0.044	51.05	2645	0.044	2.581	100
6.78-50	3.9	0.033	58.84	2674	0.033	2.186	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1BID

1bid

解像度: 2.504→32.053 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.8406 / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2166	2659	5.11 %	random
R_work	0.1643	-	-	-
obs	0.167	52048	99.5 %	-
all	-	52048	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.745 Å² / k_sol: 0.287 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.57 Å² / B_iso mean: 44.6249 Å² / B_iso min: 14.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.5471 Å²	-0 Å²	-3.1517 Å²
2-	-	-1.6195 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.1666 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.504→32.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8281	0	94	555	8930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	11878
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1255
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1521
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.673	3132

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.504-2.5498	0.3355	135	0.2466	2499	2634	2634	95
2.5498-2.5988	0.3672	125	0.2522	2571	2696	2696	100
2.5988-2.6518	0.3108	150	0.2302	2577	2727	2727	100
2.6518-2.7095	0.2889	132	0.2132	2572	2704	2704	100
2.7095-2.7725	0.2824	170	0.1992	2579	2749	2749	100
2.7725-2.8418	0.2828	164	0.1916	2557	2721	2721	100
2.8418-2.9185	0.2698	138	0.1801	2609	2747	2747	100
2.9185-3.0044	0.227	122	0.1725	2579	2701	2701	99
3.0044-3.1012	0.1933	136	0.1724	2614	2750	2750	100
3.1012-3.212	0.258	126	0.1638	2597	2723	2723	100
3.212-3.3405	0.2155	143	0.1653	2636	2779	2779	100
3.3405-3.4923	0.2037	122	0.1632	2612	2734	2734	100
3.4923-3.6762	0.2311	139	0.1855	2591	2730	2730	100
3.6762-3.9062	0.2219	132	0.1679	2610	2742	2742	99
3.9062-4.2071	0.1954	131	0.139	2623	2754	2754	100
4.2071-4.6294	0.1614	139	0.1152	2633	2772	2772	100
4.6294-5.2967	0.171	146	0.1268	2613	2759	2759	100
5.2967-6.6634	0.1881	149	0.1607	2652	2801	2801	100
6.6634-32.0553	0.2096	160	0.1732	2665	2825	2825	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.804	0.1087	0.2234	0.3543	-0.0088	0.1899	0.0093	0.0552	0.0201	-0.0327	-0.0074	0.0123	0.0338	0.0231	0	0.199	-0.0023	0.0099	0.1564	0.0039	0.188	53.4509	8.4603	5.8724
2	0.244	-0.0755	0.2283	0.0348	-0.0726	0.181	0.0255	0.0701	0.056	0.0101	-0.0253	0.0574	-0.0203	-0.0533	-0	0.2357	-0.0094	0.0344	0.2155	0.0581	0.3035	46.2114	20.0636	2.7772
3	0.1807	0.0179	-0.1999	0.4727	-0.0265	0.6187	0.0067	-0.0415	-0.0183	0.016	0.0367	-0.0543	-0.0072	-0.0351	0	0.2086	-0.0002	-0.0045	0.2397	0.0096	0.1734	8.3898	-2.0518	40.9259
4	0.0833	0.0429	0.1676	0.125	-0.0735	0.1096	0.0307	-0.255	-0.1156	-0.1227	0.1796	0.026	-0.0356	0.0119	-0	0.3099	-0.04	0.0371	0.3866	0.0283	0.3099	-3.6026	-11.2488	44.2615
5	0.2408	0.1174	0.0452	0.103	0.0391	0.3137	0.0848	-0.1522	-0.0843	0.1046	-0.0638	-0.0847	-0.0271	0.0274	-0	0.2339	-0.008	-0.0476	0.2191	0.0402	0.268	73.7956	4.7698	25.2855
6	0.8241	0.0561	0.2675	0.2541	0.0345	0.4092	0.0591	0.0283	-0.1323	0.0256	-0.0284	-0.1051	0.0291	-0.0039	-0	0.2166	0.0076	-0.0003	0.2026	0.0029	0.2633	75.2044	3.3291	16.5918
7	0.0522	0.0644	0.0261	0.0478	-0.0858	0.066	0.0574	0.1169	0.1178	-0.0554	0.0435	0.0364	-0.0937	-0.0669	0	0.3921	-0.0192	0.0223	0.4316	0.0277	0.3323	0.8698	8.6643	16.0387
8	0.5216	-0.0202	-0.5377	0.3421	-0.4049	0.9248	0.0614	0.0914	0.0432	0.0701	-0.0503	-0.0751	-0.1393	-0.0014	0	0.2026	-0.009	-0.0107	0.2044	0.032	0.1953	17.7116	15.9275	23.6239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:206)	A	1 - 206
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 207:260)	A	207 - 260
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESID 1:222)	B	1 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 223:260)	B	223 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND RESID 1:83)	C	1 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND RESID 84:261)	C	84 - 261
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND RESID 0:24)	D	0 - 24
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESID 25:262)	D	25 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)