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- PDB-3pv0: Crystal Structure of a pre-translocation state MBP-Maltose transp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pv0
タイトルCrystal Structure of a pre-translocation state MBP-Maltose transporter complex without nucleotide
要素
  • (Maltose transporter subunit; membrane component of ABC ...) x 2
  • Fused maltose transport subunit, ATP-binding component of ABC superfamily; regulatory protein
  • Maltose transporter subunit; periplasmic-binding component of ABC superfamily
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ATP Binding Cassette / Nucleotide Binding Domain / Substrate Binding Protein / ABC Transporter / importer / ATPase (ATPアーゼ) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / Maltodextrin binding (マルトデキストリン) / transmembrane integral membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport ...ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription factor binding / ペリプラズム / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain ...MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / MetI-like fold / MetI-like / Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Nucleic acid-binding proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / Periplasmic binding protein-like II / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Roll / Up-down Bundle / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-PGV / : / : / : / : / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG / Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Oldham, M.L. / Chen, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the maltose transporter in a pretranslocation intermediate state.
著者: Oldham, M.L. / Chen, J.
履歴
登録2010年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Maltose transporter subunit; periplasmic-binding component of ABC superfamily
F: Maltose transporter subunit; membrane component of ABC superfamily
G: Maltose transporter subunit; membrane component of ABC superfamily
A: Fused maltose transport subunit, ATP-binding component of ABC superfamily; regulatory protein
B: Fused maltose transport subunit, ATP-binding component of ABC superfamily; regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,9178
ポリマ－214,4845
非ポリマー1,4343
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22620 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area78720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.543, 92.630, 119.132
Angle α, β, γ (deg.)90.48, 102.13, 104.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 EAB

#1: タンパク質 Maltose transporter subunit; periplasmic-binding component of ABC superfamily


分子量: 40815.305 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 27-396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ECDH10B_4223, malE / プラスミド: pJF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1XC33, UniProt: P0AEX9*PLUS
#4: タンパク質 Fused maltose transport subunit, ATP-binding component of ABC superfamily; regulatory protein


分子量: 42184.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ECDH10B_4224, malK / プラスミド: pKJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1XC34, UniProt: P68187*PLUS

-
Maltose transporter subunit; membrane component of ABC ... , 2種, 2分子 FG

#2: タンパク質 Maltose transporter subunit; membrane component of ABC superfamily


分子量: 57052.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ECDH10B_4222, malF / プラスミド: pFG23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1XC32, UniProt: P02916*PLUS
#3: タンパク質 Maltose transporter subunit; membrane component of ABC superfamily


分子量: 32246.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ECDH10B_4221, malG / プラスミド: pFG23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1XC31, UniProt: P68183*PLUS

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糖 / 非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 化合物 ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL / Phosphatidylglycerol


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 32% PEG 400, 0.1M HEPES, 40 mM magnesium chloride, 50mM sodium chloride , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 41826 / Num. obs: 41826 / % possible obs: 68.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 17.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2R6G

2r6g


解像度: 3.1→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 54.196 / SU ML: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.565 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27356 2229 5.1 %RANDOM
Rwork0.23096 ---
obs0.23313 41181 75.57 %-
all-41826 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.751 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20.36 Å20.86 Å2
2--0.81 Å20.3 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14546 0 97 0 14643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.02214968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6431.97620341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.83151869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.03524.251621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.888152494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9471578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.22342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02111169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.27229325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.487315033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.13925643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.23435308
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 54 -
Rwork0.335 1009 -
obs--25.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51160.23910.12042.99432.84816.264-0.2101-0.03650.1266-0.13630.1311-0.3204-0.49190.10910.0790.3267-0.0754-0.11220.08090.01670.190928.503-5.56144.157
215.65579.67275.499910.11273.29231.9623-0.94540.97090.01980.12860.7855-1.753-0.22660.46550.15991.36020.746-0.56770.6347-0.17710.79838.92-40.52652.097
33.39010.43571.48583.36421.72853.06420.1038-0.2050.11540.606-0.1645-0.09670.5373-0.23420.06080.48330.1046-0.06640.18640.0340.058924.68-32.99654.564
44.3773-1.79720.66548.7316-1.67335.41210.02760.27880.4187-0.1752-0.2247-2.0845-0.32371.47130.19710.1503-0.037-0.14530.8455-0.1450.844156.846-13.70252.015
51.29960.6587-0.38852.8536-0.55214.43690.0318-0.16430.0511-0.1554-0.31470.36130.6504-0.91910.28290.1177-0.14880.01040.3078-0.14810.2488-15.622-72.437-11.505
60.34890.43610.89611.9281.33024.6031-0.311-0.20850.3659-0.9595-0.44720.6395-1.2387-0.95050.75820.60740.3988-0.32290.3629-0.1220.4764-12.81-41.168-19.432
71.06480.46731.07261.52651.79314.5850.1753-0.11630.0710.525-0.4270.08640.3979-0.58440.25160.2284-0.10550.06930.2361-0.02120.1791-1.313-52.63320.585
81.64341.60461.16474.06133.32895.53770.14680.0925-0.47470.2630.1635-0.44270.77830.3312-0.31030.1610.030.01410.0532-0.07730.250212.126-60.0559.833
95.57283.75382.26687.29682.10153.8665-0.3375-0.22490.7943-0.5151-0.60851.4211-1.1816-0.52260.9460.48140.2263-0.1660.1436-0.10290.5375-3.699-32.2193.057
101.32992.97011.32227.3393.3822.84010.0456-0.0181-0.0749-0.1408-0.1124-0.1635-0.3952-0.10710.06680.18310.00580.01890.1751-0.00220.13279.96-42.1236.931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 371
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3B29 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4B229 - 371
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 370
6X-RAY DIFFRACTION5E2002
7X-RAY DIFFRACTION6F18 - 297
8X-RAY DIFFRACTION7F298 - 505
9X-RAY DIFFRACTION7F2001
10X-RAY DIFFRACTION8G2 - 112
11X-RAY DIFFRACTION9G113 - 154
12X-RAY DIFFRACTION10G155 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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