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万見
- PDB-3pds: Irreversible Agonist-Beta2 Adrenoceptor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pds
タイトルIrreversible Agonist-Beta2 Adrenoceptor Complex
要素Fusion protein Beta-2 adrenergic receptor/Lysozyme
キーワードMembrane Protein/Hydrolase (生体膜) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / signaling / beta adrenergic agonist / fusion protein (融合タンパク質) / Membrane Protein-Hydrolase complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway by arrestin / beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / アドレナリン受容体 / 熱力学 / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity ...desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway by arrestin / beta2-adrenergic receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / アドレナリン受容体 / 熱力学 / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / response to psychosocial stress / negative regulation of multicellular organism growth / endosome to lysosome transport / adrenergic receptor signaling pathway / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / positive regulation of protein kinase A signaling / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / brown fat cell differentiation / regulation of sodium ion transport / bone resorption / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity / receptor-mediated endocytosis / response to cold / peptidoglycan catabolic process / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / リゾチーム / Clathrin-mediated endocytosis / lysozyme activity / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / positive regulation of MAPK cascade / transcription by RNA polymerase II / リソソーム / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / エンドソーム / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / エンドソーム / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / リゾチーム / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / Chem-ERC / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rosenbaum, D.M. / Zhang, C. / Lyons, J.A. / Holl, R. / Aragao, D. / Arlow, D.H. / Rasmussen, S.G.F. / Choi, H.-J. / DeVree, B.T. / Sunahara, R.K. ...Rosenbaum, D.M. / Zhang, C. / Lyons, J.A. / Holl, R. / Aragao, D. / Arlow, D.H. / Rasmussen, S.G.F. / Choi, H.-J. / DeVree, B.T. / Sunahara, R.K. / Chae, P.S. / Gellman, S.H. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Weis, W.I. / Caffrey, M. / Gmeiner, P. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and function of an irreversible agonist-beta(2) adrenoceptor complex
著者: Rosenbaum, D.M. / Zhang, C. / Lyons, J.A. / Holl, R. / Aragao, D. / Arlow, D.H. / Rasmussen, S.G.F. / Choi, H.J. / Devree, B.T. / Sunahara, R.K. / Chae, P.S. / Gellman, S.H. / Dror, R.O. / ...著者: Rosenbaum, D.M. / Zhang, C. / Lyons, J.A. / Holl, R. / Aragao, D. / Arlow, D.H. / Rasmussen, S.G.F. / Choi, H.J. / Devree, B.T. / Sunahara, R.K. / Chae, P.S. / Gellman, S.H. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Weis, W.I. / Caffrey, M. / Gmeiner, P. / Kobilka, B.K.
履歴
登録2010年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年3月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein Beta-2 adrenergic receptor/Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8619
ポリマ－52,4531
非ポリマー1,4088
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)282.440, 40.040, 65.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Fusion protein Beta-2 adrenergic receptor/Lysozyme / / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor


分子量: 52453.273 Da / 分子数: 1 / 変異: H93C,N187E,C265A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07550, UniProt: P00720, リゾチーム
#2: 化合物 ChemComp-ERC / 8-hydroxy-5-[(1R)-1-hydroxy-2-({2-[3-methoxy-4-(3-sulfanylpropoxy)phenyl]ethyl}amino)ethyl]quinolin-2(1H)-one / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 444.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N2O5S
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 19

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7
詳細: 26 %(v/v) PEG 400, 200 mM Li2SO4, 4 %(v/v) DMSO, 3.5 %(v/v) 1,4-butandediol, 100 mM MES pH 6.7, Lipidic Cubic Phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→65 Å / Num. all: 10025 / Num. obs: 9385 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.202
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RH1

2rh1


解像度: 3.5→65.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8466 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7701 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 944 10.09 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.2407 10025 --
obs0.2407 9352 --
原子変位パラメータBiso mean: 81.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.5537 Å20 Å20 Å2
2--14.0671 Å20 Å2
3----21.6208 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.879 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→65.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3539 0 89 0 3628
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1240SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes544HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3672HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion498SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4176SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3708HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5041HARMONIC20.89
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.03
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.91 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 279 11.18 %
Rwork0.2338 2217 -
all0.2375 2496 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8276-0.12860.12331.7725-0.06590.6525-0.03850.1642-0.08350.07410.11150.5950.08640.1853-0.073-0.2547-0.0369-0.01430.05610.02080.389728.52957.57587.4465
21.7561-0.5541-0.52574.10222.91683.4864-0.1886-0.0196-0.0317-0.00280.0146-0.2817-0.03860.13170.174-0.1642-0.0046-0.00070.09210.0722-0.043171.351622.654415.9417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|29 - A|230 A|263 - A|342 }A29 - 230
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|29 - A|230 A|263 - A|342 }A263 - 342
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|1002 - A|1161 }A1002 - 1161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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