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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3op3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cell Division Cycle 25C Protein Isoform A from Homo sapiens | ||||||
要素 | M-phase inducer phosphatase 3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / alpha-beta-alpha sandwich / kinase (キナーゼ) / cytosol (細胞質基質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / WW domain binding / Polo-like kinase mediated events / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / regulation of mitotic nuclear division / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / Activation of ATR in response to replication stress / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex ...positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / WW domain binding / Polo-like kinase mediated events / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / regulation of mitotic nuclear division / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / Activation of ATR in response to replication stress / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / プロテインチロシンホスファターゼ / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / protein tyrosine phosphatase activity / ミトコンドリア / G2/M transition of mitotic cell cycle / 精子形成 / cell population proliferation / 細胞分裂 / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Weger, A. / Hatzos, C. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Ball, L. / Barr, A. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Weigelt, J. ...Kim, Y. / Weger, A. / Hatzos, C. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Ball, L. / Barr, A. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Knapp, S. / Joachimiak, A. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal Structure of Cell Division Cycle 25C Protein Isoform A from Homo sapiens 著者: Kim, Y. / Weger, A. / Hatzos, C. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Ball, L. / Barr, A. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. / ...著者: Kim, Y. / Weger, A. / Hatzos, C. / Savitsky, P. / Johansson, C. / Ball, L. / Barr, A. / Vollmar, M. / Muniz, J. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Knapp, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3op3.cif.gz | 85.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3op3.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3op3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3op3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/3op3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2ifvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25407.881 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 270-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleavable N-terminal His6 tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC25C / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 参照: UniProt: P30307, プロテインチロシンホスファターゼ | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis Tris pH 5.5, 23% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.63→50 Å / Num. all: 9980 / Num. obs: 9980 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 78 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.63→2.68 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 437 / Rsym value: 0.759 / % possible all: 87.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDBID 2IFV 解像度: 2.63→49.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9391 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9338 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 80.16 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.431 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.63→49.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.63→2.94 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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