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- PDB-4yza: C. bescii Family 3 pectate lyase double mutant K108A/Q111A in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yza
タイトルC. bescii Family 3 pectate lyase double mutant K108A/Q111A in complex with trigalacturonic acid
要素Pectate lyase
キーワードLYASE / PL3 / PARALLEL BETA-HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


pectate lyase / pectate lyase activity / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase PlyH/PlyE-like / Pectate lyase / 3-keto-disaccharide hydrolase / 3-keto-disaccharide hydrolase / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-galactopyranuronic acid / beta-D-galactopyranuronic acid / IMIDAZOLE / pectate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The catalytic mechanism and unique low pH optimum of Caldicellulosiruptor bescii family 3 pectate lyase.
著者: Alahuhta, M. / Taylor, L.E. / Brunecky, R. / Sammond, D.W. / Michener, W. / Adams, M.W. / Himmel, M.E. / Bomble, Y.J. / Lunin, V.
履歴
登録2015年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年12月25日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectate lyase
B: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,95828
ポリマ－44,0982
非ポリマー3,86126
水11,007611
1
A: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,38417
ポリマ－22,0491
非ポリマー2,33516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,57411
ポリマ－22,0491
非ポリマー1,52510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.820, 36.430, 100.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-439-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pectate lyase


分子量: 22048.857 Da / 分子数: 2 / 変異: K375A, Q378A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor bescii (strain ATCC BAA-1888 / DSM 6725 / Z-1320) (バクテリア)
株: ATCC BAA-1888 / DSM 6725 / Z-1320 / 遺伝子: Athe_1854 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9MKT4, pectate lyase

-
糖 , 4種, 11分子

#2: 多糖 alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-talopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpAa1-4DGalpAa1-4DTalpAa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a1112A-1a_1-5][a2112A-1a_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 多糖 alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpAa1-4DGalpAa1-4DGalpAa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2112A-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-ADA / alpha-D-galactopyranuronic acid / alpha-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / ALPHA D-GALACTURONIC ACID / α-D-ガラクトピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGalpAaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-GTR / beta-D-galactopyranuronic acid / beta-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / β-D-ガラクトピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGalpAbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 626分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 9 and 65.9% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98397 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98397 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50.89 Å / Num. obs: 100777 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.782 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 1.25→50.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.523 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.151 4803 4.8 %RANDOM
Rwork0.108 ---
obs0.11 95973 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→50.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2972 0 239 611 3822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.023689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.14525083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9563.0218025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0175479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.51727.315149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.04315611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg32.133152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8851.0921811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.88444.8461810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3381.6472325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3417.4682326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.081.4681878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.082.5531879
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5088.3852759
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.7084540
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.0694154
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.10433689
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.812521
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.54553779
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 333 -
Rwork0.261 6792 -
obs--94.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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