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- PDB-3nqi: Crystal structure of a Putative lipoprotein (BF3042) from Bactero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nqi
タイトルCrystal structure of a Putative lipoprotein (BF3042) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 1.87 A resolution
要素Putative lipoproteinリポタンパク質
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #3220 / NigD-like N-terminal OB domain / NigD-like, N-terminal domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative lipoprotein / Putative lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative lipoprotein (BF3042) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 1.87 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative lipoprotein
B: Putative lipoprotein
C: Putative lipoprotein
D: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,78348
ポリマ－108,8124
非ポリマー3,97144
水6,612367
1
A: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,18412
ポリマ－27,2031
非ポリマー98011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,75118
ポリマ－27,2031
非ポリマー1,54817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,99510
ポリマ－27,2031
非ポリマー7929
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8538
ポリマ－27,2031
非ポリマー6507
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Putative lipoprotein
B: Putative lipoprotein
ヘテロ分子

A: Putative lipoprotein
B: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,87060
ポリマ－108,8124
非ポリマー5,05756
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14960 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area44530 Å2
手法PISA
6
C: Putative lipoprotein
D: Putative lipoprotein
ヘテロ分子

C: Putative lipoprotein
D: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,69636
ポリマ－108,8124
非ポリマー2,88432
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area11560 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area44600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.490, 77.227, 97.406
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A31 - 127
2114B31 - 127
3114C31 - 127
4114D31 - 127
1216A128 - 132
2216B128 - 132
3216C128 - 132
4216D128 - 132
1312A133 - 267
2312B133 - 267
3312C133 - 267
4312D133 - 267

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative lipoprotein / リポタンパク質


分子量: 27203.033 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: ATCC 25285 / NCTC 9343 / 遺伝子: BF3042 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LAY5, UniProt: A0A380YR22*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 411分子

#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-267) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 23-267) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 36.0000% polyethylene glycol 400, 0.1000M Cadmium Chloride, 0.1M sodium acetate pH 5.1, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97939,0.91837,0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979391
20.918371
30.979221
反射解像度: 1.87→47.287 Å / Num. obs: 93428 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 25.253 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 10.85
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.87-1.940.7532.135995970899.9
1.94-2.010.5252.931199836299.9
2.01-2.110.3813.8381151019499.9
2.11-2.220.2834.934555920999.9
2.22-2.360.2146.235066932299.9
2.36-2.540.1598.134636921299.9
2.54-2.790.11410.734406915199.8
2.79-3.190.07215.334847932999.7
3.19-4.020.04123.834896941799.1
4.02-47.2870.03530.434139943697.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0110精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.87→47.287 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 6.084 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.124
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. CADMIUM (CD) IONS, POLY ETHYLENE GLYCOL (PEG), CHLORIDE IONS (CL) AND ACETATE (ACT) MODELED WERE PRESENT IN CRYSTLLIZATION/CRYO CONDITIONS. 6. THE CADMIUM IONS ARE ASSIGNED BASED ON DENSITY AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS. THE FLAGGED CLOSE CONTACTS ARE A RESULT OF MODELING ALTERNATE POSITIONS FOR SOME OF THE CD ATOMS BASED ON THE DENSITY, BUT IT WAS NOT POSSIBLE TO LOCATE THE REQUIRED LOW OCCUPANCY POSITIONS FOR SOME OF THE NEIGHBORING SIDE CHAINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 4686 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.192 93425 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109.56 Å2 / Biso mean: 39.988 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å20 Å2-0.47 Å2
2---1.79 Å20 Å2
3---2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→47.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7102 0 122 367 7591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227565
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.97510344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.925312311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.28851000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54224.967302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.863151294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1631534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5734749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.57331892
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.65957805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.45782816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.641112494
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A784TIGHT POSITIONAL0.130.15
2B784TIGHT POSITIONAL0.140.15
3C784TIGHT POSITIONAL0.170.15
4D784TIGHT POSITIONAL0.140.15
1A1931MEDIUM POSITIONAL0.340.5
2B1931MEDIUM POSITIONAL0.360.5
3C1931MEDIUM POSITIONAL0.350.5
4D1931MEDIUM POSITIONAL0.470.5
1A37LOOSE POSITIONAL1.265
2B37LOOSE POSITIONAL1.585
3C37LOOSE POSITIONAL1.415
4D37LOOSE POSITIONAL1.65
1A784TIGHT THERMAL0.560.5
2B784TIGHT THERMAL0.550.5
3C784TIGHT THERMAL0.540.5
4D784TIGHT THERMAL0.380.5
1A1931MEDIUM THERMAL0.51
2B1931MEDIUM THERMAL0.491
3C1931MEDIUM THERMAL0.431
4D1931MEDIUM THERMAL0.351
1A37LOOSE THERMAL1.0210
2B37LOOSE THERMAL1.1110
3C37LOOSE THERMAL0.8110
4D37LOOSE THERMAL0.6710
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 361 -
Rwork0.3 6517 -
all-6878 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.1252.87453.57833.14762.53514.2697-0.0371-0.82430.74570.153-0.25430.0236-0.1459-0.3760.29140.1014-0.04070.00280.1858-0.07190.1255-11.793824.476817.971
21.6304-0.4034-0.13571.75820.12060.53680.01740.0031-0.12190.01170.0210.0976-0.01530.0006-0.03830.0118-0.01080.01140.04320.00620.0572-23.45486.74723.9836
38.8742-2.4431-1.79134.38560.7911.80310.05740.6711-0.482-0.2976-0.18850.17910.2105-0.18830.13110.10580.0384-0.00930.1692-0.04960.089-12.003123.6071-18.0791
42.43140.93780.3322.45740.17360.61490.02190.05890.18780.01120.0385-0.0285-0.01310.0658-0.06040.01430.0180.00280.0450.00330.141-23.497241.6188-3.9346
59.3726-3.2253-0.4774.9510.17792.44910.12370.7463-0.8997-0.3593-0.23040.02930.04170.10720.10660.39430.03720.01190.2458-0.0670.1084-14.1055-22.174326.5019
61.09120.18280.1312.11930.00290.8159-0.0409-0.01920.0895-0.1791-0.02960.4158-0.0025-0.10490.07040.30840.0339-0.06960.1352-0.01270.1151-30.8188-4.473232.9936
74.1861.52443.32862.84012.13345.7752-0.1386-0.57410.52280.0954-0.33560.351-0.3464-0.69930.47420.3773-0.00440.04620.3158-0.0840.2287-30.4401-21.403457.022
82.43-0.8530.38353.81610.19331.04260.0584-0.0935-0.11150.0413-0.03190.32890.0281-0.096-0.02650.3517-0.0132-0.03350.1446-0.01760.2215-34.7002-39.405439.9112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 267
3X-RAY DIFFRACTION3B31 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4B101 - 267
5X-RAY DIFFRACTION5C30 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6C101 - 267
7X-RAY DIFFRACTION7D31 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8D101 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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