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- PDB-3mnc: Investigation of global and local effects of radiation damage on ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mnc
タイトルInvestigation of global and local effects of radiation damage on porcine pancreatic elastase. Second stage of radiation damage
要素Chymotrypsin-like elastase family member 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / radiation damage / disulfide bridge (ジスルフィド) / atomic resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.119 Å
データ登録者Petrova, T. / Ginell, S. / Kim, Y. / Joachimiak, G. / Joachimiak, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: X-ray-induced deterioration of disulfide bridges at atomic resolution.
著者: Petrova, T. / Ginell, S. / Mitschler, A. / Kim, Y. / Lunin, V.Y. / Joachimiak, G. / Cousido-Siah, A. / Hazemann, I. / Podjarny, A. / Lazarski, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin-like elastase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1434
ポリマ－25,9281
非ポリマー2153
水9,656536
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.139, 57.723, 74.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Elastase-1


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: The initial concentration of the protein was 10 mg/ml in water. The reservoir contained 25 mM Na2SO4. The cryo-solution contained 25 mM Na2SO4 and 25% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: The initial concentration of the protein was 10 mg/ml in water. The reservoir contained 25 mM Na2SO4. The cryo-solution contained 25 mM Na2SO4 and 25% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月26日
詳細: 1.02-M flat mirror made of zerodur providing vertical focusing and rejection of harmonic contamination
放射モノクロメーター: double crystal monochromator utilizing a SI-111 and sagital horizontal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→50 Å / Num. obs: 80647 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 10.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 20.63
反射 シェル解像度: 1.12→1.14 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 3405 / % possible all: 82.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GVK

1gvk


解像度: 1.119→9.819 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1411 3858 -Random
Rwork0.116 ---
obs0.1172 77321 92.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2624 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.3379 Å2-0 Å2
3----0.5992 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.119→9.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 11 536 2369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.1187-1.13230.231800.2138X-RAY DIFFRACTION180664
1.1323-1.14660.2172990.1881X-RAY DIFFRACTION212775
1.1466-1.16170.17371030.1631X-RAY DIFFRACTION221479
1.1617-1.17760.1831380.1537X-RAY DIFFRACTION236284
1.1776-1.19430.14261190.1366X-RAY DIFFRACTION249788
1.1943-1.21210.15881410.1218X-RAY DIFFRACTION254791
1.2121-1.2310.13021410.1108X-RAY DIFFRACTION261093
1.231-1.25120.14081210.0999X-RAY DIFFRACTION268494
1.2512-1.27270.13611370.0965X-RAY DIFFRACTION267795
1.2727-1.29580.12181570.0942X-RAY DIFFRACTION267296
1.2958-1.32070.13091530.0936X-RAY DIFFRACTION271696
1.3207-1.34760.13491400.0869X-RAY DIFFRACTION270897
1.3476-1.37680.10991340.0837X-RAY DIFFRACTION272896
1.3768-1.40870.1041620.0843X-RAY DIFFRACTION275097
1.4087-1.44390.13131390.0832X-RAY DIFFRACTION275797
1.4439-1.48280.11831290.0809X-RAY DIFFRACTION275797
1.4828-1.52620.11431540.0784X-RAY DIFFRACTION277397
1.5262-1.57530.11291500.0856X-RAY DIFFRACTION275298
1.5753-1.63140.11091340.0832X-RAY DIFFRACTION279398
1.6314-1.69640.11391400.0896X-RAY DIFFRACTION282898
1.6964-1.77320.12741500.095X-RAY DIFFRACTION279999
1.7732-1.8660.11221680.0979X-RAY DIFFRACTION281799
1.866-1.98210.12771450.0984X-RAY DIFFRACTION283399
1.9821-2.13360.12571620.105X-RAY DIFFRACTION2859100
2.1336-2.34570.12831640.1067X-RAY DIFFRACTION283999
2.3457-2.67910.15471520.1159X-RAY DIFFRACTION287999
2.6791-3.35290.12871360.119X-RAY DIFFRACTION277894
3.3529-9.8190.20621100.187X-RAY DIFFRACTION190163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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