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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lz1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 2) | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / nucleosome (ヌクレオソーム) / 601-sequence DNA / NCP and Nucleosome core / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Vasudevan, D. / Chua, E.Y.D. / Davey, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Crystal structures of nucleosome core particles containing the '601' strong positioning sequence 著者: Vasudevan, D. / Chua, E.Y. / Davey, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lz1.cif.gz | 317.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lz1.ent.gz | 239.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lz1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/3lz1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P84233 #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 12941.095 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 2-120 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: Q6AZJ8 #4: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P02281 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 44991.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 44520.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct |
-非ポリマー , 2種, 8分子
#7: 化合物 | ChemComp-MN / #8: 化合物 | |
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-詳細
配列の詳細 | UNINTENTIO |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Kcacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→93.04 Å / Num. all: 65509 / Num. obs: 65509 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 6362 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 61.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NCP146b (pdb code 1KX4) 解像度: 2.5→93.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.954 / SU ML: 0.476 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.6 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 204.25 Å2 / Biso mean: 109.4 Å2 / Biso min: 39.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→93.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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