+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l86 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Crystal Structure of smu.665 from Streptococcus mutans UA159 | ||||||
要素 | Acetylglutamate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / argB / smu.665 / Amino-acid biosynthesis / Arginine biosynthesis / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Su, X.-D. / Liu, X. / Wu, C.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The Crystal Structure of smu.665 from Streptococcus mutans UA159 著者: Su, X.-D. / Liu, X. / Wu, C.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l86.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3l86.ent.gz | 44.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l86.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3l86_validation.pdf.gz | 768.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3l86_full_validation.pdf.gz | 771.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3l86_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3l86_validation.cif.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/3l86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/3l86 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1gs5S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29894.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: smu.665 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DV44, acetylglutamate kinase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-NLG / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28% (W/V) PEG 4000, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris-HCL pH8.0, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→50 Å / Num. all: 16592 / Num. obs: 16492 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.18 Å / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GS5 解像度: 2.06→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 4.453 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.012 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→19.93 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.061→2.114 Å / Total num. of bins used: 20
|