PDB-5ls3: Crystal structure of metallo-beta-lactamase SPM-1 with Y58C mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ls3

タイトル

Crystal structure of metallo-beta-lactamase SPM-1 with Y58C mutation

要素

Beta-lactamase IMP-1

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / carbapenemase

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.754 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: (19) F-NMR Reveals the Role of Mobile Loops in Product and Inhibitor Binding by the Sao Paulo Metallo-beta-Lactamase.
著者: Abboud, M.I. / Hinchliffe, P. / Brem, J. / Macsics, R. / Pfeffer, I. / Makena, A. / Umland, K.D. / Rydzik, A.M. / Li, G.B. / Spencer, J. / Claridge, T.D. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2016年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月12日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ls3.cif.gz	212 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ls3.ent.gz	169.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ls3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5ls3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5ls3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bp0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7k9v-1 5ndb-1 2x9l-d 4mxn-4 2ej9-d 6tqa-4 5ndb-2 2k46-d 4mxn-3 6mmq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Beta-lactamase IMP-1

A: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.886, 59.886, 276.115
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-548- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase IMP-1 / Beta-lactamase SPM-1 / Metallo-b-lactamase / Metallo-beta-lactamase blaSPM-1 / SPM-1 分子量: 27867.148 Da / 分子数: 2 / 変異: Y58C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: spm-1, bla SPM-1, blaSPM-1, CCBH4851_00081, ICEPaeSP_00028 プラスミド: pOPIN-F / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q8G9Q0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M mixture of HEPES and MOPS pH7.5, 0.03 M NaF, 0.03 M NaI, 0.03 M NaB, 12% PEG3350, 12% PEG1000, 12% 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→29.263 Å / Num. obs: 50459 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 25 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 32.2
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 24.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / CC_1/2: 0.895 / R_pim(I) all: 0.205 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BP0

4bp0

解像度: 1.754→29.263 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	2485	4.93 %
R_work	0.1659	-	-
obs	0.1668	50435	97.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.754→29.263 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3803	0	5	374	4182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.159	5267
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.362	1463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	583
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	672

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.754-1.7877	0.2751	123	0.2206	2257	X-RAY DIFFRACTION	85
1.7877-1.8242	0.205	135	0.1949	2600	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8242-1.8639	0.2367	133	0.1831	2590	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8639-1.9072	0.21	144	0.186	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9072-1.9549	0.2402	135	0.1849	2608	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9549-2.0078	0.2019	136	0.1776	2636	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0078-2.0668	0.1805	139	0.1686	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0668-2.1335	0.2149	142	0.1691	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1335-2.2097	0.1973	144	0.168	2609	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2097-2.2982	0.2022	128	0.1718	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2982-2.4027	0.2173	132	0.1692	2661	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4027-2.5293	0.2051	140	0.1736	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5293-2.6877	0.219	127	0.1677	2698	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6877-2.8951	0.2033	136	0.1752	2704	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8951-3.1861	0.1921	123	0.1701	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1861-3.6464	0.1742	148	0.1529	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6464-4.5912	0.1332	164	0.1447	2826	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5912-29.2667	0.1686	156	0.166	3011	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5699	0.7446	0.775	2.7254	0.4458	3.0066	-0.0015	-0.1848	0.2182	0.218	-0.007	0.1027	-0.3029	-0.1218	-0.0024	0.202	0.0283	0.0269	0.1155	0.0124	0.1591	-11.1132	32.5646	-16.2761
2	2.404	2.6469	2.3064	4.6982	3.9832	3.4343	0.6828	-0.8214	-0.0645	1.3656	-0.6034	1.0091	1.0816	-1.6301	-0.0696	0.6918	-0.0862	0.2185	0.7996	0.0357	0.6949	-29.8548	26.6061	-10.6624
3	1.9958	0.146	0.7664	2.7253	-0.8085	2.8686	0.1336	-0.0043	-0.2111	0.0959	0.021	-0.1675	0.1622	0.1378	-0.1266	0.1605	0.0184	-0.0101	0.1142	-0.0298	0.1634	-4.9707	19.3025	-18.5188
4	5.7844	4.1445	-0.3014	7.0467	1.0965	5.663	0.1058	-0.1957	-0.6623	0.2755	0.1381	0.4676	0.8021	-0.2672	-0.2292	0.4338	-0.0021	-0.1632	0.19	0.0674	0.4366	-5.7106	6.4404	-8.1271
5	1.6416	-0.318	0.2945	2.542	-0.5042	3.3894	-0.0294	0.044	0.168	0.0138	-0.0361	-0.0133	-0.5118	0.0031	0.0525	0.2203	-0.0083	0.0058	0.1451	-0.0132	0.1711	-1.6923	28.9386	19.3122
6	4.6348	-3.6325	2.2761	7.4027	-4.9192	8.9428	0.0246	1.7306	0.108	-1.9216	-0.3446	-0.8	0.9787	0.6724	0.2389	0.7473	-0.1139	0.2046	0.8305	0.0149	0.628	12.7542	27.026	6.8795
7	2.002	0.5071	0.0118	2.4028	0.5167	3.2182	-0.118	-0.0232	-0.0927	0.0002	-0.0049	0.0937	0.0033	-0.1693	0.1324	0.1353	0.0226	0.0287	0.139	0.0265	0.176	-6.9321	15.3923	19.9453
8	8.7317	-6.0071	-6.7876	4.4921	5.6634	8.029	-0.2063	0.5546	-0.762	0.0456	-0.2805	0.3941	0.574	-0.4197	0.4837	0.2788	-0.0818	0.0396	0.2799	-0.0566	0.39	-9.1712	4.1549	7.5479

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 31 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 143 through 163 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 164 through 291 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 292 through 310 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 32 through 142 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 143 through 163 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 164 through 291 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 292 through 311 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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