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- PDB-3kgr: Crystal structure of the human leukocyte-associated Ig-like recep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kgr
タイトルCrystal structure of the human leukocyte-associated Ig-like receptor-1 (LAIR-1)
要素Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Ig-like domain / Cell membrane (細胞膜) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immune response (免疫応答) / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Phosphoprotein / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


tertiary granule membrane / specific granule membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / 獲得免疫系 / Neutrophil degranulation / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グリシン / Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Brondijk, T.H.C. / Huizinga, E.G. / Ballering, J.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and collagen-binding site of immune inhibitory receptor LAIR-1: unexpected implications for collagen binding by platelet receptor GPVI
著者: Brondijk, T.H.C. / de Ruiter, T. / Ballering, J. / Wienk, H. / Lebbink, R.J. / van Ingen, H. / Boelens, R. / Farndale, R.W. / Meyaard, L. / Huizinga, E.G.
履歴
登録2009年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
B: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
C: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3785
ポリマ－35,2113
非ポリマー1672
水7,981443
1
A: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7371
ポリマ－11,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9043
ポリマ－11,7371
非ポリマー1672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7371
ポリマ－11,7371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.395, 69.395, 54.258
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 / LAIR-1 / hLAIR1


分子量: 11736.834 Da / 分子数: 3 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAIR1 / プラスミド: pET3xa-hLAIR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: Q6GTX8
#2: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 25-30% PEG-1500, 100mM succinic acid, 100mM sodium dihydrogen phosphate, 100mM glycine, 10mM CoCl2, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0396 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0396 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.294
反射解像度: 1.8→60.098 Å / Num. obs: 26097 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 17.458 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. measured all: 12152 / Num. unique all: 3098 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.21データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model from Swiss-model based on alignment with PDB entries 2GI7, 2D3V, 1UGN, 2GW5

2gi7

2d3v

1ugn

2gw5


解像度: 1.8→34.698 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.157 1319 5.06 %random
Rwork0.123 ---
all0.1242 ---
obs0.124 26079 96.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.86 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.03 Å2 / Biso mean: 23.233 Å2 / Biso min: 3.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.565 Å20 Å2-0 Å2
2--0.565 Å20 Å2
3----1.752 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 0 11 443 2774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2793362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.379934
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.8490.222760.18214761552
1.849-1.9030.265830.17816521735
1.903-1.9640.171830.15918781961
1.964-2.0350.182950.1519932088
2.035-2.1160.1691080.1419682076
2.116-2.2120.1581010.13519652066
2.212-2.3290.1631110.13819892100
2.329-2.4750.1681220.13719692091
2.475-2.6660.1531190.13419852104
2.666-2.9340.1511130.12219492062
2.934-3.3580.176910.1119802071
3.358-4.230.1121080.08319742082
4.23-34.7040.1541020.10619892091
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37540.48320.12750.66290.54890.2678-0.00020.01270.00120.09780.00410.13270.07850.0088-0.00260.05920.00410.00050.03110.00370.059827.55652.018642.0537
20.519-0.31480.14260.62880.73160.3388-0.0046-0.0412-0.0113-0.08550.01830.0110.0343-0.0322-0.0160.0837-0.0153-0.01360.03580.00680.052327.866328.020335.9665
30.81540.62060.13980.8661-0.09480.36760.032-0.1070.0304-0.0046-0.04460.1126-0.09810.10940.00910.0588-0.01670.00490.0877-0.01550.0547.99147.430419.5227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA25 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB25 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC25 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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