[日本語] English
万見
- PDB-3rp1: Crystal structure of Human LAIR-1 in C2 space group -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rp1
タイトルCrystal structure of Human LAIR-1 in C2 space group
要素Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / structural genomics / collagen receptor / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / PSI-Biology / Ig-like / collagen-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating signaling pathway / tertiary granule membrane / specific granule membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Neutrophil degranulation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Ramagopal, U.A. / Yan, Q. / Toro, R. / Nathenson, S. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Human LAIR-1 in C2 space group
著者: Sampathkumar, P. / Ramagopal, U.A. / Yan, Q. / Toro, R. / Nathenson, S. / Bonanno, J. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
B: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
C: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1
D: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4474
ポリマ－46,4474
非ポリマー00
水59433
1
A: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 11.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6121
ポリマ－11,6121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 11.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6121
ポリマ－11,6121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 11.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6121
ポリマ－11,6121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 11.6 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6121
ポリマ－11,6121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.117, 77.261, 64.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Leukocyte-associated immunoglobulin-like receptor 1 / LAIR-1 / hLAIR1


分子量: 11611.771 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular domain (UNP residues 22-123) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD305, LAIR-1, LAIR1 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q6GTX8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200mM calcium choloride, 28% PEG400, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.081 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 12005 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 59.1 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1173 / Rsym value: 0.639 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KGR

3kgr


解像度: 2.6→31.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 32.562 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2927 922 7.7 %RANDOM
Rwork0.2108 ---
obs0.2173 11978 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.98 Å2 / Biso mean: 42.1602 Å2 / Biso min: 18.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0.09 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→31.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2997 0 0 33 3030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223081
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9754205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80935176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9795386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52322.899138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22315466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2381529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4421.51951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0861.5761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90123171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.50331130
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5994.51033
LS精密化 シェル解像度: 2.602→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 59 -
Rwork0.319 796 -
all-855 -
obs--98.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.97571.79211.3472.61721.46014.4138-0.03250.0812-0.0226-0.3436-0.0132-0.07150.08930.42210.04570.09270.04510.00390.06990.03080.154230.2756-2.52887.2052
22.6532.52210.35847.70341.17243.6009-0.1571-0.0319-0.06230.2797-0.0149-0.00480.2279-0.27280.1720.0639-0.0001-0.00570.15010.00830.07915.4405-8.730224.6636
34.30012.5077-0.44974.2987-0.31084.02570.12680.21020.24630.07740.08510.2904-0.5349-0.4511-0.2120.13940.0863-0.03340.16270.02610.142212.27312.46259.4128
44.7152.007-0.53983.96090.65364.64790.02410.5086-0.05380.0445-0.01450.08740.2347-0.5076-0.00970.12460.0589-0.00720.20610.04060.107616.76796.5936-13.1777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 121
2X-RAY DIFFRACTION1A124 - 130
3X-RAY DIFFRACTION2B26 - 122
4X-RAY DIFFRACTION2B124 - 135
5X-RAY DIFFRACTION3C25 - 122
6X-RAY DIFFRACTION3C124 - 131
7X-RAY DIFFRACTION4D26 - 122
8X-RAY DIFFRACTION4D124 - 129

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る