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万見
- PDB-3kd5: Closed ternary complex of an RB69 gp43 fingers domain mutant comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kd5
タイトルClosed ternary complex of an RB69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic GMP terminated primer template pair and phosphonoformic acid.
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*(4DG))-3')
  • DNA polymeraseDNAポリメラーゼ
キーワードTRANSFERASE/DNA / polymerase (ポリメラーゼ) / gp43 / human cytomegalovirus / hcmv / acyclic guanosine / acyclovir (アシクロビル) / phosphonoformic acid (ホスカルネット) / foscarnet (ホスカルネット) / foscavir (ホスカルネット) / antiviral (抗ウイルス薬) / DNA replication (DNA複製) / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / Exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / Nucleotidyltransferase / Transferase (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ホスカルネット / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNAポリメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Zahn, K.E. / Doublie, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
著者: Zahn, K.E. / Tchesnokov, E.P. / Gotte, M. / Doublie, S.
履歴
登録2009年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*(4DG))-3')
E: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7777
ポリマ－115,5783
非ポリマー1994
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area44460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.855, 122.481, 133.371
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 5492.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide was chemically synthesized.
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*(4DG))-3')


分子量: 4278.780 Da / 分子数: 1 / Fragment: Acyclic GMP terminated primer DNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligonucleotide was chemically synthesized.

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タンパク質 , 1種, 1分子 E

#3: タンパク質 DNA polymerase / DNAポリメラーゼ / Gp43


分子量: 105806.359 Da / 分子数: 1
Fragment: RB69 gp43 exo- chimera containing elements from the fingers domain of the human cytomegalovirus DNA polymerase.
Mutation: D222A V478W F479V N480S I557M N558A R559L L561V I562T I563C
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
遺伝子: 43, RB69 gp43 / プラスミド: pPR-IBA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q38087, DNAポリメラーゼ

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非ポリマー , 3種, 250分子

#4: 化合物 ChemComp-PPF / PHOSPHONOFORMIC ACID / ホスカルネット / ホスカルネット


分子量: 126.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3O5P / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5% PEG 20000, 0.1M sodium acetate pH5, 0.1M magnesium acetate, 0.1M Tris HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03315 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月15日
詳細: Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geomet ry
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 36065 / Num. obs: 36065 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.4 % / Biso Wilson estimate: 86.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 21.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3545 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0041精密化
CNS精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: PDB entry 3KD1

3kd1


解像度: 2.69→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 25.02 / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26317 3470 9.6 %Test set extracted from 1IG9
Rwork0.21467 ---
all0.21939 32507 --
obs0.21939 32507 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.787 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.64 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3---5.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7379 648 10 246 8283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0218292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9581.911342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7325904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67124.182373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.703151346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7321545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0230.247665
LS精密化 シェル解像度: 2.686→2.755 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 235 -
Rwork0.347 2097 -
obs-2332 89.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5858-0.2008-0.29899.1178-2.81292.65470.1878-0.2390.29070.2886-0.111-1.4607-0.06260.2946-0.07680.1992-0.0449-0.18680.2718-0.01350.910128.10562.62835.568
23.52933.3954-1.51394.3271-1.26812.96730.020.0259-0.3613-0.0222-0.0029-1.2350.01320.1171-0.01710.18170.0807-0.11980.22120.0110.913519.15855.56329.498
32.69730.65620.3793.1633-0.14481.98450.141-0.32640.0240.9255-0.0982-0.46380.2417-0.1871-0.04280.7721-0.0049-0.43810.3417-0.02650.35568.82537.06451.871
43.36491.2906-0.60373.23540.19581.739-0.05640.8380.8149-0.50070.2369-0.4721-0.376-0.2933-0.18050.33210.08480.16850.47980.3310.49881.47461.4299.632
52.27040.3105-0.02372.23240.77091.4025-0.02850.96010.0547-0.43420.0651-0.3221-0.0222-0.2775-0.03660.29860.06480.1060.68140.11980.1769-4.60445.1735.549
62.4606-1.1485-0.07439.42142.42271.1425-0.13110.2342-0.50410.67890.1735-0.6030.32130.2639-0.04240.32250.11150.00390.32320.08630.51359.41831.35518.748
74.53371.3810.58753.56640.82752.45860.2577-0.3178-0.20840.9773-0.25920.0870.2979-0.63490.00150.5418-0.07190.04260.48380.0640.0293-22.91138.4535.958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2E340 - 382
3X-RAY DIFFRACTION3E109 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4E383 - 468
5X-RAY DIFFRACTION5E573 - 729
6X-RAY DIFFRACTION6E469 - 572
7X-RAY DIFFRACTION7E730 - 905

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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