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- PDB-3jb9: Cryo-EM structure of the yeast spliceosome at 3.6 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jb9
タイトルCryo-EM structure of the yeast spliceosome at 3.6 angstrom resolution
要素
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 14
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...核内低分子リボ核タンパク質) x 6
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ppi1
  • Pre-mRNA-processing protein 45
  • Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
  • RNA (5'-R(P*GP*UP*AP*UP*GP*UP*AP*U)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • unknown chain
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Spliceosome (スプライセオソーム) / U2/U5/U6 / Lariat / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / protein modification by small protein conjugation or removal / regulation of siRNA-mediated facultative heterochromatin formation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / second spliceosomal transesterification activity / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER ...: / : / : / : / protein modification by small protein conjugation or removal / regulation of siRNA-mediated facultative heterochromatin formation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / second spliceosomal transesterification activity / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / : / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U12-type spliceosomal complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pICln-Sm protein complex / Prp19 complex / spliceosomal tri-snRNP complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / protein K63-linked ubiquitination / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / フォールディング / 核膜 / cysteine-type deubiquitinase activity / 細胞周期 / ribonucleoprotein complex / DNA修復 / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor Cwc2 / Cwf19-like protein, C-terminal domain-2 / Cwf19-like, C-terminal domain-1 / Cwf19-like protein / Protein similar to CwfJ C-terminus 2 / Protein similar to CwfJ C-terminus 1 / Suppressor of forked / Suppressor of forked protein (Suf) / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) ...Pre-mRNA-splicing factor Cwc2 / Cwf19-like protein, C-terminal domain-2 / Cwf19-like, C-terminal domain-1 / Cwf19-like protein / Protein similar to CwfJ C-terminus 2 / Protein similar to CwfJ C-terminus 1 / Suppressor of forked / Suppressor of forked protein (Suf) / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / : / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / : / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U-box domain profile. / Leucine Rich repeats (2 copies) / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / ジンクフィンガー / HIT-like superfamily / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Myb-like DNA-binding domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / リボヌクレアーゼインヒビター / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / LSM domain superfamily / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / EF-G domain III/V-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing factor prp5 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor spp42 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing factor prp5 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor spp42 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-processing factor 17 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Pre-mRNA-splicing factor cwf5 / Pre-mRNA-splicing factor cwf14 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Pre-mRNA-splicing factor cwf10 / Pre-mRNA-splicing factor cwf11 / Pre-mRNA-splicing factor cwf17 / Pre-mRNA-splicing factor cdc5 / Pre-mRNA-splicing factor cwf15 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ppi1 / Pre-mRNA-splicing factor cwf2 / Pre-mRNA-splicing factor cwf4 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-splicing factor cwf19 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Pre-mRNA-splicing factor cwf3 / Pre-mRNA-splicing factor cwf7 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Yan, C. / Hang, J. / Wan, R. / Huang, M. / Wong, C. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution.
著者: Chuangye Yan / Jing Hang / Ruixue Wan / Min Huang / Catherine C L Wong / Yigong Shi /
要旨: Splicing of precursor messenger RNA (pre-mRNA) in yeast is executed by the spliceosome, which consists of five small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs), NTC (nineteen complex), NTC-related proteins ...Splicing of precursor messenger RNA (pre-mRNA) in yeast is executed by the spliceosome, which consists of five small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs), NTC (nineteen complex), NTC-related proteins (NTR), and a number of associated enzymes and cofactors. Here, we report the three-dimensional structure of a Schizosaccharomyces pombe spliceosome at 3.6-angstrom resolution, revealed by means of single-particle cryogenic electron microscopy. This spliceosome contains U2 and U5 snRNPs, NTC, NTR, U6 small nuclear RNA, and an RNA intron lariat. The atomic model includes 10,574 amino acids from 37 proteins and four RNA molecules, with a combined molecular mass of approximately 1.3 megadaltons. Spp42 (Prp8 in Saccharomyces cerevisiae), the key protein component of the U5 snRNP, forms a central scaffold and anchors the catalytic center. Both the morphology and the placement of protein components appear to have evolved to facilitate the dynamic process of pre-mRNA splicing. Our near-atomic-resolution structure of a central spliceosome provides a molecular framework for mechanistic understanding of pre-mRNA splicing.
履歴
登録2015年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: cell / database_2 ...cell / database_2 / em_image_scans / em_software / struct_conn
Item: _cell.Z_PDB / _cell.length_a ..._cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _em_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02019年12月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / em_software / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _em_software.image_processing_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor spp42
B: Pre-mRNA-splicing factor cwf10
C: U5 snRNA
D: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
E: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
F: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
G: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
H: Small nuclear ribonucleoprotein E
I: Small nuclear ribonucleoprotein F
J: Small nuclear ribonucleoprotein G
K: Pre-mRNA-splicing factor prp5
L: Pre-mRNA-splicing factor cwf17
M: Pre-mRNA-processing protein 45
N: U6 snRNA
O: RNA (5'-R(P*GP*UP*AP*UP*GP*UP*AP*U)-3')
Q: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
P: U2 snRNA
S: Pre-mRNA-processing factor 19
T: Pre-mRNA-processing factor 19
U: Pre-mRNA-processing factor 19
V: Pre-mRNA-processing factor 19
W: Pre-mRNA-splicing factor cdc5
Y: Pre-mRNA-splicing factor cwf2
a: Pre-mRNA-splicing factor cwf5
c: Pre-mRNA-splicing factor cwf19
d: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ppi1
e: Pre-mRNA-splicing factor cwf14
g: Pre-mRNA-processing factor 17
h: Pre-mRNA-splicing factor cwf15
i: Pre-mRNA-splicing factor cwf7
R: Pre-mRNA-splicing factor cwf4
r: Pre-mRNA-splicing factor cwf3
X: Pre-mRNA-splicing factor cwf11
j: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
k: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
Z: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
f: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
m: Small nuclear ribonucleoprotein E
n: Small nuclear ribonucleoprotein F
o: Small nuclear ribonucleoprotein G
x: unknown chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,789,82556
ポリマ－1,788,40043
非ポリマー1,42513
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 14種, 14分子 ABKLWYacehiRrX

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor spp42 / Complexed with cdc5 protein 6


分子量: 274917.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O14187
#2: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf10 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component homolog / Complexed with cdc5 protein 10


分子量: 111445.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O94316
#11: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor prp5 / Complexed with cdc5 protein 1 / Pre-mRNA-processing protein 5


分子量: 48909.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O13615
#12: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf17 / Complexed with cdc5 protein 17


分子量: 37477.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O94620
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cdc5 / Cell division control protein 5


分子量: 75128.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P39964
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf2 / Complexed with cdc5 protein 2 / Pre-mRNA-processing protein 3


分子量: 41838.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P87126
#21: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf5 / Complexed with cdc5 protein 5


分子量: 37133.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O59800
#22: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf19 / Complexed with cdc5 protein 19


分子量: 74547.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q09909
#24: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf14 / Complexed with cdc5 protein 14


分子量: 17122.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O74772
#26: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf15 / Complexed with cdc5 protein 15


分子量: 30478.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P78794
#27: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf7 / Complexed with cdc5 protein 7 / Splicing factor 27


分子量: 21348.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9USV3
#28: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf4 / Complexed with cdc5 protein 4


分子量: 67082.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P87312
#29: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf3 / Complexed with cdc5 protein 3


分子量: 72172.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9P7R9
#30: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor cwf11 / Complexed with cdc5 protein 11


分子量: 148532.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O94508

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 CNOQP

#3: RNA鎖 U5 snRNA /


分子量: 38191.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#14: RNA鎖 U6 snRNA /


分子量: 31863.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#15: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*UP*AP*UP*GP*UP*AP*U)-3')


分子量: 2528.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#16: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*AP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量: 4047.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: chain O and Q come from one RNA molecule. atom O2' A (Q 501) is covalently binding to atom P G (Q 100).
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#17: RNA鎖 U2 snRNA /


分子量: 59207.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 DZFfGlHmInJo

#4: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11050.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9UUC6
#6: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 13115.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O42661
#7: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / Complexed with cdc5 protein 9 / snRNP core protein D2


分子量: 13119.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O14036
#8: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / Sm-E / SmE


分子量: 9702.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9USZ3
#9: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / Sm-F / SmF


分子量: 8667.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O59734
#10: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / Sm-G / SmG


分子量: 8616.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O74966

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タンパク質 , 6種, 7分子 EbMdjkx

#5: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / Sm-B / SmB


分子量: 15493.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q10163
#13: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45 / Complexed with cdc5 protein 13 / Transcriptional coregulator snw1


分子量: 62798.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q09882
#23: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ppi1 / PPIase ppi1 / Cyclophilin ppi1 / Rotamase ppi1


分子量: 16884.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P87051, プロリルイソメラーゼ
#31: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A'


分子量: 27260.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9USX8
#32: タンパク質 Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 12685.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q7LL14
#33: タンパク質 unknown chain


分子量: 35081.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843

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Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 STUVg

#18: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / Complexed with cdc5 protein 8


分子量: 54243.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
参照: UniProt: O14011, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#25: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17


分子量: 63211.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O43071

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非ポリマー , 4種, 13分子

#34: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#35: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#36: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#37: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

配列の詳細THERE ARE MANY UNK RESIDUES IN CHAIN K, W, Y, a(LOWER CASE), R, r(LOWER CASE). THE COMPLETE ...THERE ARE MANY UNK RESIDUES IN CHAIN K, W, Y, a(LOWER CASE), R, r(LOWER CASE). THE COMPLETE SEQUENCE OF THESE CHAINS CORRESPOND TO EACH UNP DATABASE SEQUENCE. CHAIN K UNP O13615, CHAIN W UNP P39964, CHAIN Y UNP P87126, CHAIN a(LOWER CASE) UNP O59800, CHAIN R UNP P87312, CHAIN r(LOWER CASE) UNP Q9P7R9, BUT THE AUTHOR IS NOT SURE WHICH PART CORRESPONDS WITH UNK RESIDUES. SO THE RESIDUE NUMBERS OF ALL UNK ARE MEANINGLESS. ABOUT CHAIN x(LOWER CASE), THE AUTHOR COULD OBSERVE THESE RESIDUES, BUT CAN NOT ASSIGN TO THE SEQRES OF THIS CHAIN. SO THE RESIDUE NUMBERS IN CHAIN x(LOWER CASE) ARE MEANINGLESS.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: spliceosomeスプライセオソーム / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: CEB buffer / pH: 8 / 詳細: CEB buffer
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: carbon coated grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2015年3月29日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3 nm / Cs: 1.4 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112795 / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C1) / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14I43

4i43

14I431PDBexperimental model
23J7P

3j7p

13J7P2PDBexperimental model
34WZJ

4wzj

14WZJ3PDBexperimental model
44YVD

4yvd

14YVD4PDBexperimental model
52XL2

2xl2

12XL25PDBexperimental model
62BAY

2bay

12BAY6PDBexperimental model
73LRV

3lrv

13LRV7PDBexperimental model
81GV2

1gv2

11GV28PDBexperimental model
93U1L

3u1l

13U1L9PDBexperimental model
102YTC

2ytc

12YTC10PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数79585 6900 66 0 86551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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