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万見
- EMDB-6418: Local map for cetral region of the yeast spliceosome at 3.57 angs... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6418
タイトルLocal map for cetral region of the yeast spliceosome at 3.57 angstrom resolution
マップデータReconstruction by applying local mask for Centrol region
試料
  • 試料: Spliceosome
  • タンパク質・ペプチド: Spliceosome
キーワードLocal masking / Centrol region / 3.57 angstrom
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleolar peripheral inclusion body / mRNA Splicing - Major Pathway / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / pICln-Sm protein complex ...nucleolar peripheral inclusion body / mRNA Splicing - Major Pathway / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNA binding / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / pericentric heterochromatin / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / peptidylprolyl isomerase / spliceosomal complex / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / metallopeptidase activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear envelope / protein folding / molecular adaptor activity / cysteine-type deubiquitinase activity / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cwf19-like protein, C-terminal domain-2 / Cwf19-like, C-terminal domain-1 / Cwf19-like protein / Protein similar to CwfJ C-terminus 2 / Protein similar to CwfJ C-terminal / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Torus domain / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) ...Cwf19-like protein, C-terminal domain-2 / Cwf19-like, C-terminal domain-1 / Cwf19-like protein / Protein similar to CwfJ C-terminus 2 / Protein similar to CwfJ C-terminal / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Torus domain / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / Torus domain / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / Pre-mRNA-processing factor 17 / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / : / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / : / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / pre-mRNA splicing factor component / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / Myb-like DNA-binding domain / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U-box domain profile. / HIT-like superfamily / Zinc finger, CCCH-type superfamily / Modified RING finger domain / zinc finger / U-box domain / Leucine-rich repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / EF-G domain III/V-like / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor prp5 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor spp42 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-processing factor 17 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Pre-mRNA-splicing factor cwf5 / Pre-mRNA-splicing factor cwf14 / Small nuclear ribonucleoprotein G ...Pre-mRNA-splicing factor prp5 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor spp42 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-processing factor 17 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Pre-mRNA-splicing factor cwf5 / Pre-mRNA-splicing factor cwf14 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Pre-mRNA-splicing factor cwf10 / Pre-mRNA-splicing factor cwf11 / Pre-mRNA-splicing factor cwf17 / Pre-mRNA-splicing factor cdc5 / Pre-mRNA-splicing factor cwf15 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ppi1 / Pre-mRNA-splicing factor cwf2 / Pre-mRNA-splicing factor cwf4 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-splicing factor cwf19 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Pre-mRNA-splicing factor cwf3 / Pre-mRNA-splicing factor cwf7 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Yan C / Hang J / Wan R / Huang M / Wong C / Shi Y
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution.
著者: Chuangye Yan / Jing Hang / Ruixue Wan / Min Huang / Catherine C L Wong / Yigong Shi /
要旨: Splicing of precursor messenger RNA (pre-mRNA) in yeast is executed by the spliceosome, which consists of five small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs), NTC (nineteen complex), NTC-related proteins ...Splicing of precursor messenger RNA (pre-mRNA) in yeast is executed by the spliceosome, which consists of five small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs), NTC (nineteen complex), NTC-related proteins (NTR), and a number of associated enzymes and cofactors. Here, we report the three-dimensional structure of a Schizosaccharomyces pombe spliceosome at 3.6-angstrom resolution, revealed by means of single-particle cryogenic electron microscopy. This spliceosome contains U2 and U5 snRNPs, NTC, NTR, U6 small nuclear RNA, and an RNA intron lariat. The atomic model includes 10,574 amino acids from 37 proteins and four RNA molecules, with a combined molecular mass of approximately 1.3 megadaltons. Spp42 (Prp8 in Saccharomyces cerevisiae), the key protein component of the U5 snRNP, forms a central scaffold and anchors the catalytic center. Both the morphology and the placement of protein components appear to have evolved to facilitate the dynamic process of pre-mRNA splicing. Our near-atomic-resolution structure of a central spliceosome provides a molecular framework for mechanistic understanding of pre-mRNA splicing.
履歴
登録2015年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月16日-
マップ公開2015年9月16日-
更新2016年6月8日-
現状2016年6月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0148
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0148
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jb9
  • 表面レベル: 0.0148
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6418.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction by applying local mask for Centrol region
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 360 pix.
= 475.2 Å		1.32 Å/pix.
x 360 pix.
= 475.2 Å		1.32 Å/pix.
x 360 pix.
= 475.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0148 / ムービー #1: 0.0148
最小 - 最大-0.09043203 - 0.1700241
平均 (標準偏差)-0.00002944 (±0.00466817)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 475.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z475.200475.200475.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0900.170-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Spliceosome

全体名称: Spliceosome
要素
  • 試料: Spliceosome
  • タンパク質・ペプチド: Spliceosome

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超分子 #1000: Spliceosome

超分子名称: Spliceosome / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: Spliceosome

分子名称: Spliceosome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2015年3月29日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / 実像数: 2246
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 112795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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