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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ja5 | ||||||
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タイトル | Genome and RdRp structure within the capsid of no-transcribing cypovirus | ||||||
要素 | RNA-dependent RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / non-transcribing cypovirus / RNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / dsRNA virus / icosahedral virus | ||||||
機能・相同性 | RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / viral genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding / RNA依存性RNAポリメラーゼ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, H. / Cheng, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: Cryo-EM shows the polymerase structures and a nonspooled genome within a dsRNA virus. 著者: Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / 要旨: Double-stranded RNA (dsRNA) viruses possess a segmented dsRNA genome and a number of RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) enclosed in a capsid. Until now, the precise structures of genomes and RdRps ...Double-stranded RNA (dsRNA) viruses possess a segmented dsRNA genome and a number of RNA-dependent RNA polymerases (RdRps) enclosed in a capsid. Until now, the precise structures of genomes and RdRps within the capsids have been unknown. Here we report the structures of RdRps and associated RNAs within nontranscribing and transcribing cypoviruses (NCPV and TCPV, respectively), using a combination of cryo-electron microscopy (cryo-EM) and a symmetry-mismatch reconstruction method. The RdRps and associated RNAs appear to exhibit a pseudo-D3 symmetric organization in both NCPV and TCPV. However, the molecular interactions between RdRps and the genomic RNA were found to differ in these states. Our work provides insight into the mechanisms of the replication and transcription in dsRNA viruses and paves a way for structural determination of lower-symmetry complexes enclosed in higher-symmetry structures. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ja5.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ja5.ent.gz | 24.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ja5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/3ja5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/3ja5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: D3 (2回x3回 2面回転対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138830.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q6RJR5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bombyx mori cypovirus 1 / タイプ: VIRUS |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2010年4月10日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 125390 X / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: MRC / カテゴリ: 3次元再構成 / 詳細: Symmetry-Mismatch-Reconstruction | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: Each particle | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: cross-correlation coefficient / 解像度: 12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28000 詳細: (Single particle details: Symmetry-mismatch reconstruction of icosahedral with D3 symmetry imposed) (Single particle--Applied symmetry: D3) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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