PDB-3hgn: Structure of porcine pancreatic elastase complexed with a potent ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hgn

タイトル

Structure of porcine pancreatic elastase complexed with a potent peptidyl inhibitor FR130180 determined by neutron crystallography

要素

Elastase-1

エラスターゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Chymotrypsin Family (キモトリプシン) /

Serine Protease (セリンプロテアーゼ) /

Disulfide bond (ジスルフィド) / Metal-binding /

Protease (プロテアーゼ) /

Secreted (分泌) /

Zymogen (酵素前駆体)

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 /

extracellular space /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

中性子回折 /

X線回折 / NUCLEAR REACTOR /

シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tamada, T. / Kinoshita, T. / Kuroki, R. / Tada, T.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Combined High-Resolution Neutron and X-ray Analysis of Inhibited Elastase Confirms the Active-Site Oxyanion Hole but Rules against a Low-Barrier Hydrogen Bond
著者: Tamada, T. / Kinoshita, T. / Kurihara, K. / Adachi, M. / Ohhara, T. / Imai, K. / Kuroki, R. / Tada, T.

履歴

登録	2009年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Data collection / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hgn.cif.gz	117.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hgn.ent.gz	92.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hgn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hgn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hgpSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hv7-d 2fo9-d 2foh-d 1qgf-d 2foe-d 2iot-d 2fof-d 1e36-d 1e38-d 1l0z-d 1euf-d 1elg-d 1lvy-d 2bd5-d 2fog-d 1qr3-d 3hgp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Elastase-1

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.937, 57.464, 75.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Elastase-1 / エラスターゼ分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Porcine Pancreatic / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物	ChemComp-FRW / 4-[[(2S)-3-methyl-1-oxo-1-[(2S)-2-[[(3S)-1,1,1-trifluoro-4-methyl-2-oxo-pentan-3-yl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]butan-2-yl]carbamoyl]benzoic acid / 4-[[[(1S)-2-メチル-1-[[(2S)-2-[[[(1S)-3,3,3-トリフルオロ-2-オキソ-1-イソプ(以下略) 分子量: 513.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₀F₃N₃O₆
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水 / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
中性子回折	1
X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.3M sodium sulphate, 0.05M D-substituted sodium acetate, pH5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	293	1
2	293	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
NUCLEAR REACTOR			1	2.9
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6A	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
NEUTRON IMAGING PLATE	1	IMAGE PLATE	2006年9月19日
ADSC QUANTUM 4r	2	CCD	2008年5月28日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	ELASTICALLY-BENT PERFECT SI(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	neutron	1
2	TRIANGULAR SI(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	2.9	1
2	1	1

反射

解像度: 1.65→42.17 Å / Num. obs: 24296 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 10.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2065 / % possible all: 77.1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング

精密化

R Free selection details: RANDOM / Isotropic thermal model: Isotropic / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: PDB ENTRY 3HGP

3hgp

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / 詳細: perfomed by a joint refinement method using X-ray and neutron diffraction data from the same crystal

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso mean (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	SU ML	Diffraction-ID	位相誤差	B_sol (Å²)	k_sol (e/Å³)
1.65-42.169	NEUTRON DIFFRACTION	15.3	0.2161	0.1964	0.1973	1127	23486	4.8	86.3	0.21	1	18.65	20	0.6
1.201-45.655	X-RAY DIFFRACTION		0.1625	0.1487	0.1494	3374	66319	5.09	95.45	0.11	2	14.92	44.801	0.402

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1822	0	42	190	2054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.026	4312
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	3.066	7277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.449	926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.171	290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.022	831

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6501-1.7252	0.3072	114	0.3135	2336	NEUTRON DIFFRACTION	74
1.7252-1.8161	0.2842	127	0.2679	2563	NEUTRON DIFFRACTION	80
1.8161-1.9299	0.2414	122	0.2247	2654	NEUTRON DIFFRACTION	83
1.9299-2.0789	0.2256	135	0.1939	2726	NEUTRON DIFFRACTION	85
2.0789-2.2881	0.1869	134	0.1793	2839	NEUTRON DIFFRACTION	88
2.2881-2.6192	0.1877	178	0.1686	2849	NEUTRON DIFFRACTION	89
2.6192-3.2997	0.2057	154	0.1704	3072	NEUTRON DIFFRACTION	94
3.2997-42.1832	0.1872	163	0.1623	3320	NEUTRON DIFFRACTION	97
1.201-1.2181	0.2662	114	0.2177	2407	X-RAY DIFFRACTION	88
1.2181-1.2363	0.237	123	0.2098	2472	X-RAY DIFFRACTION	91
1.2363-1.2556	0.2431	147	0.1984	2496	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2556-1.2762	0.2215	139	0.1956	2518	X-RAY DIFFRACTION	92
1.2762-1.2982	0.2193	140	0.1901	2509	X-RAY DIFFRACTION	93
1.2982-1.3219	0.2076	151	0.1847	2517	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3219-1.3473	0.1844	140	0.1764	2551	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3473-1.3748	0.205	122	0.1713	2603	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3748-1.4047	0.1819	139	0.1635	2553	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4047-1.4374	0.1713	136	0.1578	2599	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4374-1.4733	0.168	138	0.1569	2601	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4733-1.5131	0.1668	150	0.1513	2618	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5131-1.5577	0.175	159	0.1521	2593	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5577-1.6079	0.1414	147	0.1462	2629	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6079-1.6654	0.1673	145	0.1402	2640	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6654-1.7321	0.1629	136	0.1445	2653	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7321-1.8109	0.1676	137	0.1397	2698	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8109-1.9064	0.1456	135	0.1352	2698	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9064-2.0259	0.1392	147	0.1293	2707	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0259-2.1823	0.1421	158	0.1332	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1823-2.4019	0.1631	133	0.1316	2769	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4019-2.7494	0.1811	129	0.1432	2762	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7494-3.4638	0.148	158	0.149	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4638-45.6878	0.1324	151	0.1341	2880	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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