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万見
- PDB-3h3o: Glycerol Kinase H232R with Ethylene Glycol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h3o
タイトルGlycerol Kinase H232R with Ethylene Glycol
要素Glycerol kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ethylene glycol (エチレングリコール) / kinase (キナーゼ) / ATP-binding / Glycerol metabolism / Nucleotide-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / リン酸化 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain ...FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Glycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / PHASER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yeh, J.I. / Kettering, R.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
著者: Yeh, J.I. / Kettering, R. / Saxl, R. / Bourand, A. / Darbon, E. / Joly, N. / Briozzo, P. / Deutscher, J.
履歴
登録2009年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glycerol kinase
X: Glycerol kinase
B: Glycerol kinase
C: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,61221
ポリマ－223,3264
非ポリマー1,28517
水3,603200
1
O: Glycerol kinase
X: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,51013
ポリマ－111,6632
非ポリマー84711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Glycerol kinase
C: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1018
ポリマ－111,6632
非ポリマー4386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
O: Glycerol kinase
X: Glycerol kinase
ヘテロ分子

B: Glycerol kinase
C: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,61221
ポリマ－223,3264
非ポリマー1,28517
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area12210 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area67950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.844, 104.275, 114.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glycerol kinase / / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK


分子量: 55831.535 Da / 分子数: 4 / 変異: H232R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
遺伝子: glpK / プラスミド: pOXO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: O34153, glycerol kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: KH2PO4, PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.5 Å / Num. obs: 92379 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.528 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: PHASER
開始モデル: PDB ENTRY 1XUP

1xup


解像度: 2.3→10 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.206 3862 RANDOM
Rwork0.181 --
all0.216 77228 -
obs0.181 73366 -
原子変位パラメータBiso max: 113.62 Å2 / Biso mean: 51.997 Å2 / Biso min: 17.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15443 0 75 200 15718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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