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万見
- PDB-3d7e: Enterococcus casseliflavus glycerol kinase mutant HIS232ALA compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d7e
タイトルEnterococcus casseliflavus glycerol kinase mutant HIS232ALA complexed with glycerol
要素Glycerol kinase
キーワードTRANSFERASE / KINASE / ATP-binding / Glycerol metabolism / Nucleotide-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol kinase / glycerol-3-phosphate biosynthetic process / glycerol kinase activity / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / triglyceride metabolic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain ...FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Yeh, J.I. / Vahedi-Faridi, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
著者: Yeh, J.I. / Kettering, R. / Saxl, R. / Bourand, A. / Darbon, E. / Joly, N. / Briozzo, P. / Deutscher, J.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2005
タイトル: The effects of flash-annealing on glycerol kinase crystals
著者: Vahedi-Faridi, A. / Stojanoff, V. / Yeh, J.I.
履歴
登録2008年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glycerol kinase
X: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4134
ポリマ－111,2282
非ポリマー1842
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area34160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.572, 200.019, 56.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Glycerol kinase / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK


分子量: 55614.223 Da / 分子数: 2 / 変異: H232A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
遺伝子: glpK / プラスミド: POXO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: O34153, glycerol kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 29% PEG400, 0.1M sodium acetate, 0.1M calcium acetate, 10% glycerol, PH4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.033
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 63332 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.261

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XFITデータ削減
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XUP

1xup


解像度: 2.03→39.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 2.572 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 3224 5.1 %RANDOM
Rwork0.19075 ---
obs0.19075 63284 88.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.812 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→39.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7676 0 12 307 7995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0380.0227858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5941.94110654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5765988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.69225.355366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.266151314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9271530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2130.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.025988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.24068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.25447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9791.55142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.63927834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.31333344
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.964.52820
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.027→2.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 141 -
Rwork0.173 2713 -
obs--52.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6211-0.3632-0.04150.90870.04910.12980.03310.02070.07730.054-0.0606-0.02760.0251-0.00510.0275-0.0301-0.01940.0059-0.03020.0095-0.065673.996223.5092-11.5139
20.5382-0.2654-0.00480.7093-0.17160.1655-0.0068-0.0329-0.07140.0403-0.0180.004-0.01970.010.0247-0.02160.0016-0.0137-0.02970.01-0.055869.107-27.773-18.859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1O5 - 227
2X-RAY DIFFRACTION1O240 - 260
3X-RAY DIFFRACTION1O268 - 281
4X-RAY DIFFRACTION1O285 - 354
5X-RAY DIFFRACTION1O357 - 394
6X-RAY DIFFRACTION1O405 - 455
7X-RAY DIFFRACTION1O470 - 497
8X-RAY DIFFRACTION2X5 - 227
9X-RAY DIFFRACTION2X268 - 281
10X-RAY DIFFRACTION2X285 - 354
11X-RAY DIFFRACTION2X357 - 394
12X-RAY DIFFRACTION2X405 - 455
13X-RAY DIFFRACTION2X470 - 497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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