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- PDB-3g25: 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g25
タイトル1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with Glycerol.
要素Glycerol kinase
キーワードTRANSFERASE / Glycerol kinase / Glycerol / idp00743 / ATP-binding / Glycerol metabolism / Kinase / Nucleotide-binding / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain ...Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Glycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with Glycerol.
著者: Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2009年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol kinase
B: Glycerol kinase
C: Glycerol kinase
D: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,65028
ポリマ－225,8864
非ポリマー1,76424
水21,1501174
1
A: Glycerol kinase
B: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,09718
ポリマ－112,9432
非ポリマー1,15416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15940 Å2
ΔGint-222 kcal/mol
Surface area64070 Å2
手法PISA
3
C: Glycerol kinase
D: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,55310
ポリマ－112,9432
非ポリマー6108
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area33720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.750, 193.742, 91.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Glycerol kinase / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK


分子量: 56471.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
株: Staphylococcus aureus subsp. aureus COL / 遺伝子: glpK, SACOL1320 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q5HGD2, glycerol kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1:1 v/v protein solution [10mg/ml protein, 0.3M NaCl, 10mM Na Hepes pH 7.5), screen solution (0.2M Na dihydrogen Phosphate , 20% PEG 3350, 6% Glycerol), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 168279 / Num. obs: 168279 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 8395 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EZW

3ezw


解像度: 1.9→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.765 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Individual Atomic Isotropic Refinement
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24562 8479 5 %RANDOM
Rwork0.19266 ---
all0.19529 159730 --
obs0.19529 159730 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.064 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.41 Å20 Å20.58 Å2
2---2.76 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15703 0 96 1174 16973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02217029
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.94323160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.971327935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.12852181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73224.861829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.183152982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0631596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.22471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4711.510397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5471.54307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.175216808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.72336632
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3194.56341
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 599 -
Rwork0.235 11648 -
obs-11648 98.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3970.1070.05152.05350.08331.0325-0.0465-0.0090.0354-0.05910.03-0.0657-0.1767-0.04120.01650.03620.0164-0.00550.0502-0.00710.029713.653252.3019-2.982
20.84411.0071-0.14592.8781-0.27420.38640.0389-0.0792-0.01570.0673-0.0499-0.2111-0.04810.05880.0110.00760.0031-0.00890.1713-0.01820.172121.516731.38922.0717
30.51240.69130.22822.3143-0.17950.79920.0091-0.0687-0.07240.0764-0.0704-0.5236-0.10320.09210.06130.0178-0.0086-0.02180.2714-0.01750.320329.807333.36765.0514
40.67530.2719-0.30571.6715-0.64761.1847-0.08710.0474-0.07630.01310.0444-0.1480.1507-0.01870.04270.0326-0.01170.01130.1189-0.03290.1123-0.6239-11.412914.5586
51.29140.9227-0.52652.4038-0.7621.09350.03860.04210.1810.08920.03030.2914-0.0259-0.1487-0.06890.00340.00210.01090.21-0.00070.1716-1.722113.77295.7511
61.07680.8802-0.60322.1645-0.79121.0260.02510.12530.2560.04140.19920.48430.0191-0.2669-0.22430.0054-0.0079-0.00840.30880.0350.2412-13.42796.1596.8343
70.5632-0.1074-0.12731.0326-0.12840.98410.0378-0.01310.0554-0.0251-0.0126-0.1047-0.04090.0852-0.02520.01190.00130.00110.06340.00060.05283.219464.822833.3278
80.3155-0.28820.08641.8552-0.89131.05680.0576-0.0123-0.0211-0.1836-0.02480.04090.1755-0.0651-0.03280.0413-0.0048-0.02260.08770.00050.0596-9.909547.87939.7407
90.3634-0.0660.23041.3807-0.99531.47670.01460.0074-0.0124-0.09840.13480.26180.1364-0.2594-0.14940.0356-0.0048-0.02970.15160.00350.119-17.523149.180735.3089
100.6188-0.02050.06930.49610.48460.54540.0517-0.0307-0.02030.1001-0.02460.00570.1197-0.0221-0.02710.13290.0155-0.02570.04830.02510.0508-3.1290.262354.0066
110.5412-0.72660.44753.3363-1.0441.21830.1115-0.04080.0932-0.2378-0.0995-0.29760.11140.2075-0.0120.04590.0159-0.00660.1322-0.00970.15018.679719.159854.0915
120.5454-0.68030.1542.6544-0.1440.50880.1241-0.06730.0962-0.0577-0.0387-0.63450.0590.1414-0.08540.06290.0173-0.05260.2284-0.00490.284817.334616.921254.8594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 245
2X-RAY DIFFRACTION2A246 - 396
3X-RAY DIFFRACTION3A397 - 498
4X-RAY DIFFRACTION4B0 - 303
5X-RAY DIFFRACTION5B304 - 404
6X-RAY DIFFRACTION6B405 - 498
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 242
8X-RAY DIFFRACTION8C243 - 396
9X-RAY DIFFRACTION9C397 - 498
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 239
11X-RAY DIFFRACTION11D240 - 396
12X-RAY DIFFRACTION12D397 - 498

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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