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- PDB-3g25: 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Sta... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3g25 | ||||||
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Title | 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with Glycerol. | ||||||
![]() | Glycerol kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glycerol kinase / Glycerol / idp00743 / ATP-binding / Glycerol metabolism / Kinase / Nucleotide-binding / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / phosphorylation / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: 1.9 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with Glycerol. Authors: Minasov, G. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 363.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 487.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 524.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 85.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 124.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ezwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 56471.402 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Staphylococcus aureus subsp. aureus COL / Gene: glpK, SACOL1320 / Plasmid: pMCSG / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 1:1 v/v protein solution [10mg/ml protein, 0.3M NaCl, 10mM Na Hepes pH 7.5), screen solution (0.2M Na dihydrogen Phosphate , 20% PEG 3350, 6% Glycerol), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.984 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 168279 / Num. obs: 168279 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 8395 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3EZW Resolution: 1.9→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.765 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL Isotropic thermal model: Individual Atomic Isotropic Refinement Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.159 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.064 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→44.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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