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- PDB-3g7t: Crystal structure of dengue virus type 1 envelope protein in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g7t
タイトルCrystal structure of dengue virus type 1 envelope protein in the postfusion conformation
要素Envelope protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Membrane fusion protein / envelope protein / membrane anchor / fusion loop / IgC domain / beta sandwich / glycoprotein / Membrane / Transmembrane / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / endoplasmic reticulum membrane / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope protein E / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Modis, Y.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of dengue virus type 1 envelope protein in the postfusion conformation and its implications for membrane fusion.
著者: Nayak, V. / Dessau, M. / Kucera, K. / Anthony, K. / Ledizet, M. / Modis, Y.
履歴
登録2009年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32014年4月23日Group: Other
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7862
ポリマ－43,7511
非ポリマー351
水181
1
A: Envelope protein
ヘテロ分子

A: Envelope protein
ヘテロ分子

A: Envelope protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,3596
ポリマ－131,2533
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area12310 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area48470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.650, 75.650, 292.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Envelope protein


分子量: 43750.883 Da / 分子数: 1 / 断片: Soluble ectodomain residues 1-400 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
株: 98901518 DHF DV-1 / 遺伝子: E / プラスミド: pMTBip/V5-His
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 / 参照: UniProt: Q5USP2, UniProt: Q689G3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THERE ARE NO SEQUENCE CONFLICTS BETWEEN THE SEQUENCE IN THE PDB FILE AND ...THE AUTHORS STATE THAT THERE ARE NO SEQUENCE CONFLICTS BETWEEN THE SEQUENCE IN THE PDB FILE AND SEQUENCE DATABASE REFERENCE NCBI BAD42413.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12.5% PEG 550 MME, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ZnSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.97949
シンクロトロンNSLS X2520.97949
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年7月20日Kohzu HLD*-24 monchromator followed by vertical and horizontal focusing mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年8月25日Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focussing followed by double flat Si crystal monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Kohzu HLD*-24SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 6794 / Num. obs: 6794 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 73.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.223
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique all: 607 / % possible all: 92

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OK8

1ok8


解像度: 3.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 71.167 / SU ML: 0.511 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.711 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 311 4.6 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.212 6786 98.32 %-
all-6786 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.41 Å2 / Biso mean: 63.849 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.11 Å2-2.06 Å20 Å2
2---4.11 Å20 Å2
3---6.17 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.711 Å / Luzzati sigma a free: 0.511 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2905 0 1 1 2907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6881.9634014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.4015375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.06625.133113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg26.03715530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4241511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.2012.51873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.62143035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.82.51088
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.3664979
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 26 -
Rwork0.228 418 -
all-444 -
obs-418 91.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13550.764-0.80981.63820.27941.1817-0.0201-0.1462-0.08970.03120.093-0.2524-0.00620.3016-0.07280.3383-0.03-0.0090.3835-0.01780.3475-21.55328.69548.152
20.38370.10671.73470.78511.06768.2967-0.15330.2302-0.102-0.09230.23-0.0764-0.14930.7129-0.07670.2569-0.15230.0220.5526-0.0240.4318-25.11117.2981.753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 51
2X-RAY DIFFRACTION1A133 - 191
3X-RAY DIFFRACTION1A275 - 298
4X-RAY DIFFRACTION1A299 - 395
5X-RAY DIFFRACTION1A398 - 500
6X-RAY DIFFRACTION2A52 - 132
7X-RAY DIFFRACTION2A192 - 274
8X-RAY DIFFRACTION2A501 - 1396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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