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- PDB-3fuy: Structure from the mobile metagenome of Cole Harbour Salt Marsh: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fuy
タイトルStructure from the mobile metagenome of Cole Harbour Salt Marsh: Integron Cassette Protein HFX_CASS1
要素Putative integron gene cassette protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / Integron cassette protein / Mobile Metagenome / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Structure from the mobile metagenome of cole harbour salt marsh: integron cassette protein hfx_cass1 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Putative integron gene cassette protein
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Harrop, S.J. / Kudrytska, M. / Koenig, J.E. / Evdokimova, E. / Osipiuk, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. ...Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Harrop, S.J. / Kudrytska, M. / Koenig, J.E. / Evdokimova, E. / Osipiuk, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Doolittle, W.F. / Stokes, H.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Integron gene cassettes: a repository of novel protein folds with distinct interaction sites
著者: Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Boucher, Y. / Koenig, J.E. / Stokes, H.W. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.
履歴
登録2009年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年2月6日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative integron gene cassette protein
B: Putative integron gene cassette protein
C: Putative integron gene cassette protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6924
ポリマ－61,5963
非ポリマー961
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.572, 71.572, 92.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Putative integron gene cassette protein / HFX_CASS1


分子量: 20532.076 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: ORF1 / プラスミド: p15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: B0BGB0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 25% PEG 3350 pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97929
シンクロトロンAPS 19-ID20.97929
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年10月25日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年10月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→92.85 Å / Num. obs: 35948 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 202528
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→37.126 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.59 / FOM work R set: 0.83 / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 6704 9.71 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
all0.199 ---
obs0.1985 35948 96.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.835 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.29 Å2 / Biso mean: 38.766 Å2 / Biso min: 18.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9997 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.9997 Å20 Å2
3----9.9994 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3714 0 5 163 3882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9895091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7421405
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0230.2912190.2531848206786
2.023-2.0470.2771920.2431998219088
2.047-2.0720.2882110.2361886209790
2.072-2.0980.2682350.2351978221391
2.098-2.1250.2742270.2341940216791
2.125-2.1550.312040.2382028223293
2.155-2.1850.2822020.2131998220093
2.185-2.2180.32460.2292047229395
2.218-2.2530.242060.2112102230895
2.253-2.2890.2312010.2142041224295
2.289-2.3290.3172360.2212017225396
2.329-2.3710.2612320.2022126235896
2.371-2.4170.2522420.22032227496
2.417-2.4660.282150.2072132234797
2.466-2.520.2522200.1892076229698
2.52-2.5780.2582170.1992152236998
2.578-2.6430.2332360.192148238498
2.643-2.7140.252160.1942151236798
2.714-2.7940.2582110.1992139235099
2.794-2.8840.2642390.2142121236099
2.884-2.9870.2672280.2082154238299
2.987-3.1070.212470.1962140238799
3.107-3.2480.2542270.1952154238199
3.248-3.4190.232120.1962132234499
3.419-3.6340.2332380.1922147238599
3.634-3.9140.2232250.17521682393100
3.914-4.3070.1882280.1621632391100
4.307-4.9290.1852310.1612083231499
4.929-6.2050.1942340.1882146238098
6.205-37.1320.2092270.1892118234598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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