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万見
- PDB-3js9: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase family protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3js9
タイトルCrystal structure of nucleoside diphosphate kinase family protein from Babesia bovis
要素Nucleoside diphosphate kinase family protein
キーワードTRANSFERASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / babesiosis / parasitic protozoan / blood disease / hemolytic disease / piroplasmosis / Texas cattle fever / tick fever / Nantucket fever / redwater fever / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
nucleoside-diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Babesia bovis (牛バベシア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase family protein from Babesia bovis
著者: Edwards, T.E. / Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2009年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase family protein
B: Nucleoside diphosphate kinase family protein
C: Nucleoside diphosphate kinase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,38916
ポリマ－53,1403
非ポリマー1,24913
水2,900161
1
A: Nucleoside diphosphate kinase family protein
B: Nucleoside diphosphate kinase family protein
C: Nucleoside diphosphate kinase family protein
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase family protein
B: Nucleoside diphosphate kinase family protein
C: Nucleoside diphosphate kinase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,77832
ポリマ－106,2816
非ポリマー2,49826
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area21180 Å2
ΔGint-491 kcal/mol
Surface area32620 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.894, 125.894, 101.512
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 148 / Label seq-ID: 9 - 156

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase family protein


分子量: 17713.447 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Babesia bovis (牛バベシア) / 株: T2Bo / 遺伝子: BBOV_III005290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ANF8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: CSHT condition A4, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5; 0.4:0.4 uL drops; 31.2 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% glycerol, 2 mM DTT; crystal tracking ID 204382a4; non- ...詳細: CSHT condition A4, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5; 0.4:0.4 uL drops; 31.2 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% glycerol, 2 mM DTT; crystal tracking ID 204382a4; non-cleavable expression tag, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 28787 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2742 / Χ2: 0.93 / % possible all: 97.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: trimer generate from 2VU5

2vu5


解像度: 2.5→47.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.216 / WRfactor Rwork: 0.168 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.862 / SU B: 13.291 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.247 / SU Rfree: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1464 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.179 28727 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.09 Å2 / Biso mean: 28.414 Å2 / Biso min: 4.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3 Å20 Å20 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3---4.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3478 0 65 161 3704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4661.9574956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.5823.269156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53715599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9791521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.651.52217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25323568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09331434
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3014.51385
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A589MEDIUM POSITIONAL0.10.5
B589MEDIUM POSITIONAL0.120.5
C589MEDIUM POSITIONAL0.090.5
A560LOOSE POSITIONAL0.315
B560LOOSE POSITIONAL0.315
C560LOOSE POSITIONAL0.275
A589MEDIUM THERMAL3.542
B589MEDIUM THERMAL4.572
C589MEDIUM THERMAL1.862
A560LOOSE THERMAL3.7410
B560LOOSE THERMAL4.6410
C560LOOSE THERMAL2.1510
LS精密化 シェル解像度: 2.496→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 121 -
Rwork0.26 1878 -
all-1999 -
obs--95.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24340.07060.07570.4614-0.0430.85430.02320.0304-0.08260.0047-0.01220.03860.0020.0196-0.0110.11750.0062-0.00760.1006-0.00820.1617-27.0427-37.6476-2.7561
24.97010.11771.87816.62384.00727.01910.3490.2234-0.93550.37520.2989-0.75640.51920.2305-0.64780.05230.0317-0.09240.0263-0.05210.4442-20.6358-53.63521.6689
30.7029-0.01680.37910.46680.19020.39780.00070.0165-0.116-0.0473-0.00710.01310.06080.04990.00640.13050.0075-0.00790.0858-0.01420.1643-22.5265-39.2232-6.852
41.69152.9743-0.62195.231-1.08292.9012-0.14160.11970.0281-0.28650.23210.04120.2103-0.2018-0.09040.15680.0283-0.050.1352-0.00190.1044-32.1782-23.808-18.8801
51.49220.30430.320.4933-0.19580.40070.05220.06590.0952-0.0629-0.0791-0.08620.02170.00730.02690.11390.01360.00830.12140.03630.1607-13.9685-11.8439-15.2376
62.86370.66260.08493.81452.39894.99040.00630.4839-0.0437-0.571-0.0751-0.20540.0113-0.04270.06870.21720.03610.05270.19090.07770.0741-19.7535-11.5408-32.6935
73.72520.51782.02031.0607-0.64581.9802-0.02430.31910.1716-0.1547-0.1104-0.04770.0930.28470.13460.14180.05990.05350.1550.04380.1139-12.3388-11.7225-20.6539
80.568-0.0896-0.14340.7073-0.25480.9005-0.01480.26850.0576-0.1764-0.07-0.1560.08370.05740.08480.08960.00460.02080.16870.05780.134-10.5588-13.6686-18.8993
90.6504-0.33890.42610.1891-0.22230.2964-0.03580.0450.0790.04-0.0326-0.0885-0.01020.03920.06840.0965-0.0125-0.0470.13150.04110.21530.6642-21.41268.4978
1010.0811-1.8766-1.77552.8333-0.35535.0165-0.02980.64780.4827-0.0165-0.4391-0.3321-0.1280.54320.46890.0269-0.0241-0.05720.22130.15140.184614.3071-16.3682.9836
110.8361-0.1999-0.08840.707-0.70460.8676-0.0120.08660.0405-0.0457-0.0821-0.18940.05070.08110.09410.0808-0.00060.00230.14980.02390.22310.0281-24.6869-1.7021
121.4803-0.3260.2070.70490.14020.4521-0.0827-0.0811-0.10370.0730.0055-0.10470.03030.05490.07720.09290.0084-0.05610.11670.05430.15110.7396-31.237113.7862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4A140 - 148
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6B34 - 63
7X-RAY DIFFRACTION7B64 - 85
8X-RAY DIFFRACTION8B86 - 148
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 47
10X-RAY DIFFRACTION10C48 - 71
11X-RAY DIFFRACTION11C72 - 116
12X-RAY DIFFRACTION12C117 - 148

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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