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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fn1 | ||||||
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タイトル | E2-RING expansion of the NEDD8 cascade confers specificity to cullin modification. | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / ATP-binding / Cell cycle (細胞周期) / Nucleotide-binding / Ubl conjugation pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NEDD8 conjugating enzyme activity / E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling ...NEDD8 conjugating enzyme activity / E1 NEDD8-activating enzyme / NEDD8 activating enzyme activity / endomitotic cell cycle / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / post-translational protein modification / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / protein modification process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / regulation of cell cycle / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / タンパク質分解 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, D.T. / Ayrault, O. / Hunt, H.W. / Taherbhoy, A.M. / Duda, D.M. / Scott, D.C. / Borg, L.A. / Neale, G. / Murray, P.J. / Roussel, M.F. / Schulman, B.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009 タイトル: E2-RING expansion of the NEDD8 cascade confers specificity to cullin modification 著者: Huang, D.T. / Ayrault, O. / Hunt, H.W. / Taherbhoy, A.M. / Duda, D.M. / Scott, D.C. / Borg, L.A. / Neale, G. / Murray, P.J. / Roussel, M.F. / Schulman, B.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fn1.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fn1.ent.gz | 48.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fn1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/3fn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/3fn1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1y8xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10856.974 Da / 分子数: 1 / 断片: UBIQUITIN-ACTIVATING ENZYME E1C, residue 368-463 / 変異: L394M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: E1C, UBA3, UBE1C / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q8TBC4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19104.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCE2, UBE2F / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q969M7, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.57 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.7-0.8 M Na Citrate, 0.2 M NaC1, 0.1 M Bicine, 5 mM DTT, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97921 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 15203 / Num. obs: 13512 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 30.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1Y8X 解像度: 2.5→24.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 21.26 / SU ML: 0.254 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.41 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.941 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.5251 Å / Origin y: 5.2531 Å / Origin z: 12.9471 Å
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精密化 TLSグループ |
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