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- PDB-3f4b: Crystal structure of Plasmodium berghei Enoyl-acyl-carrier-protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f4b
タイトルCrystal structure of Plasmodium berghei Enoyl-acyl-carrier-protein reductase with TRICLOSAN
要素Enoyl-acyl carrier protein reductaseエノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PbENR / PbFabI / triclosan (トリクロサン)
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / トリクロサン / エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH)
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Sacchettini, J.C. / Tsai, H.-C.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2008
タイトル: The fatty acid biosynthesis enzyme FabI plays a key role in the development of liver-stage malarial parasites.
著者: Yu, M. / Kumar, T.R. / Nkrumah, L.J. / Coppi, A. / Retzlaff, S. / Li, C.D. / Kelly, B.J. / Moura, P.A. / Lakshmanan, V. / Freundlich, J.S. / Valderramos, J.C. / Vilcheze, C. / Siedner, M. / ...著者: Yu, M. / Kumar, T.R. / Nkrumah, L.J. / Coppi, A. / Retzlaff, S. / Li, C.D. / Kelly, B.J. / Moura, P.A. / Lakshmanan, V. / Freundlich, J.S. / Valderramos, J.C. / Vilcheze, C. / Siedner, M. / Tsai, J.H. / Falkard, B. / Sidhu, A.B. / Purcell, L.A. / Gratraud, P. / Kremer, L. / Waters, A.P. / Schiehser, G. / Jacobus, D.P. / Janse, C.J. / Ager, A. / Jacobs, W.R. / Sacchettini, J.C. / Heussler, V. / Sinnis, P. / Fidock, D.A.
履歴
登録2008年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-acyl carrier protein reductase
B: Enoyl-acyl carrier protein reductase
C: Enoyl-acyl carrier protein reductase
D: Enoyl-acyl carrier protein reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,52912
ポリマ－143,7174
非ポリマー3,8128
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22880 Å2
ΔGint-214 kcal/mol
Surface area38330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.339, 121.200, 87.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-acyl carrier protein reductase / エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH)


分子量: 35929.336 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 75 to 396 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
遺伝子: pbfabI / プラスミド: pVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6TEI5, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン / トリクロサン


分子量: 289.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H7Cl3O2 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 100mM Tris pH 7.1, 14% PEG2000, 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.49→36.33 Å / Num. obs: 41328 / % possible obs: 94.98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NHG

1nhg


解像度: 2.49→36.33 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2075 -RANDOM
Rwork0.1835 ---
obs0.1835 39254 92.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→36.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8899 0 244 264 9407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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