PDB-3ek5: Unique GTP-binding Pocket and Allostery of UMP Kinase from a Gram...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ek5

タイトル

Unique GTP-binding Pocket and Allostery of UMP Kinase from a Gram-Negative Phytopathogen Bacterium

要素

Uridylate kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Xanthomonas campestris (カンキツかいよう病) / UMPK crystal structure / unique GTP binding site /

allosteric regulation (アロステリック効果) / ATP-binding /

Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding /

Pyrimidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP kinase /

UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process /

リン酸化 /

ATP binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Tu, J.-L. / Chin, K.-H. / Wang, A.H.-J. / Chou, S.-H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Unique GTP-Binding Pocket and Allostery of Uridylate Kinase from a Gram-Negative Phytopathogenic Bacterium
著者: Tu, J.-L. / Chin, K.-H. / Wang, A.H.-J. / Chou, S.-H.

履歴

登録	2008年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ek5.cif.gz	290.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ek5.ent.gz	234.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ek5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3ek5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3ek5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ek6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ek6-d 6mwd-1 1z9d-4 1ybd-1 9026 2jjx-1 0792 6p6y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridylate kinase

B: Uridylate kinase

C: Uridylate kinase

D: Uridylate kinase

E: Uridylate kinase

F: Uridylate kinase

ヘテロ分子

159 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.634, 119.638, 125.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	D
1	2	B
2	2	E
3	2	F
1	3	A
2	3	B
1	4	C
2	4	D
1	5	E
2	5	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	2 - 239	5 - 242
2	1	ARG	ARG	C	C	2 - 239	5 - 242
3	1	ARG	ARG	D	D	2 - 239	5 - 242
1	2	ARG	ARG	B	B	2 - 239	5 - 242
2	2	ARG	ARG	E	E	2 - 239	5 - 242
3	2	ARG	ARG	F	F	2 - 239	5 - 242
1	3	ARG	ARG	A	A	2 - 239	5 - 242
2	3	ARG	ARG	B	B	2 - 239	5 - 242
1	4	SER	SER	C	C	2 - 240	5 - 243
2	4	SER	SER	D	D	2 - 240	5 - 243
1	5	ARG	ARG	E	E	2 - 239	5 - 242
2	5	ARG	ARG	F	F	2 - 239	5 - 242

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Uridylate kinase / UK / Uridine monophosphate kinase / UMP kinase / UMPK 分子量: 26057.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア) 株: XC17 / 遺伝子: pyrH, XCC1371 / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P59009, UMP kinase
#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Na Citrate, 19.5% PEG 3350, 0.05M (NH4)2SO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97315 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97315 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→86.39 Å / Num. all: 55638 / Num. obs: 55392 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 2.56→2.65 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 5439 / R_sym value: 0.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EK6

3ek6

解像度: 2.56→27.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 21.137 / SU ML: 0.231 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.709 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Due to a feature in the refinement program, the structure was refined with OXT on one or more residues that are not the terminal residues of the sequence. In all these instances the OXT was ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25157	2814	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20626	-	-	-
obs	0.20858	52509	98.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.136 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→27.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10785	0	192	507	11484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	11115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	2.001	15012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.843	5	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.421	23.304	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.823	15	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.391	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.268	0.3	5582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.33	0.5	7651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.5	802
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.361	0.3	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.265	0.5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.041	2	7197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.755	3	11179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.025	2	4324
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.766	3	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1789	medium positional	0.62	0.5
1	2	C	1789	medium positional	0.68	0.5
1	3	D	1789	medium positional	0.62	0.5
2	1	B	1789	medium positional	0.74	0.5
2	2	E	1789	medium positional	0.68	0.5
2	3	F	1789	medium positional	0.69	0.5
3	1	A	1789	medium positional	0.64	0.5
4	1	C	1796	medium positional	0.58	0.5
5	1	E	1789	medium positional	0.58	0.5
1	1	A	1789	medium thermal	0.99	2
1	2	C	1789	medium thermal	1.16	2
1	3	D	1789	medium thermal	1.12	2
2	1	B	1789	medium thermal	2.59	2
2	2	E	1789	medium thermal	1.03	2
2	3	F	1789	medium thermal	1.73	2
3	1	A	1789	medium thermal	2.9	2
4	1	C	1796	medium thermal	1.04	2
5	1	E	1789	medium thermal	0.59	2

LS精密化シェル

解像度: 2.56→2.606 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	184	-
R_work	0.324	3531	-
obs	-	-	91.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5456	-0.2217	-0.105	0.897	-0.0825	0.6997	0.0353	-0.0073	-0.0141	0.0651	-0.0197	0.0733	-0.045	0.005	-0.0156	-0.1155	-0.0112	0.0055	-0.0508	0.0218	-0.0067	-24.4705	13.7472	14.8793
2	0.3475	-0.5653	0.1755	1.2977	-0.4128	0.8379	-0.0674	-0.0767	0.0669	-0.0956	0.0302	-0.0302	0.1819	0.1251	0.0373	-0.0976	0.0589	0.0315	-0.0051	0.0403	-0.0396	3.4012	-12.4106	17.7926
3	0.3125	0.3667	-0.0724	0.4597	-0.3149	1.8136	0.0348	-0.038	0.0491	0.007	-0.0345	0.0697	-0.1423	0.1539	-0.0003	-0.1212	-0.0656	-0.0093	-0.0352	0.0002	0.0042	1.4834	30.3577	2.7161
4	0.4205	0.2756	0.1336	0.6175	0.3144	1.3616	-0.1522	0.1168	0.1045	-0.2058	0.0963	0.0271	0.0961	-0.125	0.0559	0.0601	-0.1596	-0.064	-0.0435	0.0401	-0.0737	-14.022	15.7806	-29.0058
5	0.6816	0.3914	-0.2102	0.6857	-0.2081	1.7039	-0.0471	-0.0865	0.0433	-0.2471	0.1221	0.0267	0.5061	-0.042	-0.075	0.1606	-0.0458	-0.0347	-0.1454	0.0145	-0.0798	-14.3074	-23.9887	-7.5938
6	1.1427	0.473	-0.0077	0.7808	-0.7739	1.1071	-0.1368	0.1642	-0.0257	-0.3378	-0.0092	-0.1019	0.3975	0.3155	0.1461	0.1475	0.0491	0.1493	-0.0014	0.024	-0.0753	12.3284	-3.4219	-25.7044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 239
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 240
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 240
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 240
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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