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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e1y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human eRF1/eRF3 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Translation termination / eRF1 / eRF3 / peptide release / PTC / Protein biosynthesis (タンパク質生合成) / GTP-binding / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / regulation of translational termination / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay ...translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / regulation of translational termination / translation release factor activity / translation release factor activity, codon specific / protein methylation / sequence-specific mRNA binding / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / ヒドロキシル化 / Eukaryotic Translation Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translational termination / cytosolic ribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ribosome binding / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Cheng, Z. / Lim, M. / Kong, C. / Song, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2009 タイトル: Structural insights into eRF3 and stop codon recognition by eRF1 著者: Cheng, Z. / Saito, K. / Pisarev, A.V. / Wada, M. / Pisareva, V.P. / Pestova, T.V. / Gajda, M. / Round, A. / Kong, C. / Lim, M. / Nakamura, Y. / Svergun, D.I. / Ito, K. / Song, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e1y.cif.gz | 428.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e1y.ent.gz | 344 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50700.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETF1, ERF1, RF1, SUP45L1 / プラスミド: pRC-Niv-N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: P62495 #2: タンパク質 | 分子量: 22579.457 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 301-499 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSPT1, ERF3A / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: P15170 #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.23 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 詳細: 50mM MES, pH5.6, 20-22% ethylene glycol, 2mM DTT, 2mM ATP, EVAPORATION, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2005年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→30 Å / Num. obs: 35459 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2.5 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DT9, 1R5B 解像度: 3.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 112.939 / SU ML: 0.713 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.838 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.893 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.8→3.897 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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