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- PDB-3dxb: Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dxb
タイトルStructure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin
要素thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
キーワードSPLICING / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / FBP interacting repressor / UHM / RRM / Electron transport (電子伝達系) / Redox-active center / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA splice site recognition / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / protein-disulfide reductase activity / mRNA Splicing - Major Pathway / 細胞結合 / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / DNA binding ...alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA splice site recognition / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / protein-disulfide reductase activity / mRNA Splicing - Major Pathway / 細胞結合 / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Poly-U binding splicing factor, PUF60-like / PUF60, RNA recognition motif 1 / PUF60, RNA recognition motif 2 / PUF60, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / チオレドキシン / チオレドキシン / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. ...Poly-U binding splicing factor, PUF60-like / PUF60, RNA recognition motif 1 / PUF60, RNA recognition motif 2 / PUF60, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / チオレドキシン / チオレドキシン / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / RRM (RNA recognition motif) domain / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin 1 / Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Corsini, L. / Hothorn, M. / Scheffzek, K. / Stier, G. / Sattler, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Dimerization and Protein Binding Specificity of the U2AF Homology Motif of the Splicing Factor Puf60.
著者: Corsini, L. / Hothorn, M. / Stier, G. / Rybin, V. / Scheffzek, K. / Gibson, T.J. / Sattler, M.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Thioredoxin as a fusion tag for carrier-driven crystallization.
著者: Corsini, L. / Hothorn, M. / Scheffzek, K. / Sattler, M. / Stier, G.
履歴
登録2008年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
B: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
C: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
D: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
E: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
F: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
G: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
H: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,57913
ポリマ－197,3758
非ポリマー2045
水21,4561191
1
A: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
F: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4154
ポリマ－49,3442
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
D: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3442
ポリマ－49,3442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
G: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3442
ポリマ－49,3442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
E: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
H: thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4775
ポリマ－49,3442
非ポリマー1333
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23310 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area72190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.120, 89.430, 299.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)


分子量: 24671.930 Da / 分子数: 8
断片: Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559
由来タイプ: 組換発現
詳細: The UHM domain of Puf60 was crystallized as a fusion with E.coli thioredoxin (U niProtKB/Swiss-Prot P0AA27)
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: trxA, Z5291, ECs4714, PUF60,FIR,ROBPI,SIAHBP1 / プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P0AA27, UniProt: Q9UHX1
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月6日
詳細: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator Dynamically bendable mirror Beamline suitable for large unit cell structures
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.832 Å / Num. all: 103128 / Num. obs: 102916 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 36.481 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 14.53
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / Num. unique all: 16266 / Rsym value: 0.604 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8 thioredoxin domains: PDB entry 2TRX 8 Puf60-UHM domains: homology model based on PDB 2pe8

2trx

2pe8


解像度: 2.2→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 12.772 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27148 5181 5 %RANDOM
Rwork0.2112 ---
all0.21419 103128 --
obs0.21419 102916 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13074 0 8 1191 14273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02213367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0121.96418100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.68251702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.87426.132623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.816152356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0971548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.22046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0210098
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.26338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.29011
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.21296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1070.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3411.58719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.432213553
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.59735267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9214.54547
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 369 -
Rwork0.26 6924 -
obs--97.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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