+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1onf | ||||||
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Title | Crystal structure of Plasmodium falciparum Glutathione reductase | ||||||
Components | Glutathione reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information glutathione-disulfide reductase / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Sarma, G.N. / Savvides, S.N. / Becker, K. / Schirmer, M. / Schirmer, R.H. / Karplus, P.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2003 Title: Glutathione reductase of the malarial parasite Plasmodium falciparum: Crystal structure and inhibitor development Authors: Sarma, G.N. / Savvides, S.N. / Becker, K. / Schirmer, M. / Schirmer, R.H. / Karplus, P.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1onf.cif.gz | 191.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1onf.ent.gz | 153.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1onf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1onf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/1onf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3grsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56638.984 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: GR2 / Plasmid: pET22b+ / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): SG5(DE3) References: UniProt: Q94655, glutathione-disulfide reductase |
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#2: Chemical | ChemComp-FAD / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | pH: 9 / Details: pH 9.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 7 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→30 Å / Num. obs: 16434 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 7.5 % / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.9 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.094 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.388 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3GRS Resolution: 2.6→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 14.747 / SU ML: 0.324 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.409 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: R and R-free values are different from the publication because the structure was refined further prior to pdb submission. Refinement was carried out by fixing the residue A GLU 31 to avoid ...Details: R and R-free values are different from the publication because the structure was refined further prior to pdb submission. Refinement was carried out by fixing the residue A GLU 31 to avoid it moving to create a close contact with the AO2* and AO3* atoms of the FAD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.087 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.604→2.671 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.302 / Rfactor Rwork: 0.251 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 2.6 Å / Lowest resolution: 2.78 Å / Rfactor Rfree: 0.37 / Rfactor Rwork: 0.285 |