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- PDB-3dqz: Structure of the hydroxynitrile lyase from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dqz
タイトルStructure of the hydroxynitrile lyase from Arabidopsis thaliana
要素Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein
キーワードLYASE (リアーゼ) / A/B-Hydrloase fold / Cyanogenesis (シアン化物)
機能・相同性
機能・相同性情報


mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / glycoside catabolic process / response to wounding
類似検索 - 分子機能
Methylesterase/Alpha-hydroxynitrile lyase / Alpha/beta hydrolase family / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-hydroxynitrile lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.504 Å
データ登録者Andexer, J. / Staunig, N. / Gruber, K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2012
タイトル: Hydroxynitrile lyases with alpha / beta-hydrolase fold: two enzymes with almost identical 3D structures but opposite enantioselectivities and different reaction mechanisms
著者: Andexer, J.N. / Staunig, N. / Eggert, T. / Kratky, C. / Pohl, M. / Gruber, K.
履歴
登録2008年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月14日Group: Other
改定 1.32012年4月25日Group: Other
改定 1.42013年10月23日Group: Database references
改定 1.52017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein
B: Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein
C: Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein
D: Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,0505
ポリマ－117,0154
非ポリマー351
水1,24369
1
A: Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein
B: Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5072
ポリマ－58,5072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein
D: Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5433
ポリマ－58,5072
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.248, 223.313, 50.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.892166, -0.224244, -0.392115), (-0.243977, -0.491335, 0.836101), (-0.380151, 0.841608, 0.383642)-12.0917, 6.46592, -7.37886
2given(0.194955, -0.002658, -0.980809), (-0.005533, -0.999983, 0.001611), (-0.980797, 0.005113, -0.194967)-16.274, -56.475101, -27.6068
3given(0.203611, 0.223737, 0.953144), (-0.86917, 0.489421, 0.070787), (-0.450651, -0.842857, 0.294117)25.7353, 14.5475, -59.554901

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要素

#1: タンパク質
Alpha-hydroxynitrile lyase-like protein / AtHNL / AT5g10300/F18D22_70


分子量: 29253.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: F18D22_70, At5g10300 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LFT6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 % / Mosaicity: 0.834 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10-18% PEG3350, 100mM BisTris, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8081 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8081 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.481
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 33151 / Num. obs: 33151 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2107 / Rsym value: 0.21 / Χ2: 0.939 / % possible all: 87.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QJ4, 1DWP, 1XKL

1qj4

1dwp

1xkl


解像度: 2.504→24.171 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.862 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: This is a twinned structure, the detwin fraction is 0.481 and operator is 'l,-k,h'.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1561 4.72 %random
Rwork0.159 ---
obs-33106 89.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.792 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.9 Å2 / Biso mean: 27.936 Å2 / Biso min: 2.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.179 Å2-0 Å2-2.062 Å2
2--1.958 Å2-0 Å2
3----0.779 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.504→24.171 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8130 0 1 69 8200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8991
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.1281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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