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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dlk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of an engineered form of the HIV-1 Reverse Transcriptase, RT69A | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / REVERSE TRANSCRIPTASE (逆転写酵素) / RT / crystal engineering / RNA-binding / RNA-directed DNA polymerase (逆転写酵素) / Viral nucleoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Ho, W.C. / Bauman, J.D. / Himmel, D.M. / Das, K. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008 タイトル: Crystal engineering of HIV-1 reverse transcriptase for structure-based drug design. 著者: Bauman, J.D. / Das, K. / Ho, W.C. / Baweja, M. / Himmel, D.M. / Clark, A.D. / Oren, D.A. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Shatkin, A.J. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dlk.cif.gz | 209.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dlk.ent.gz | 165.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dlk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dlk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2zd1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63946.211 Da / 分子数: 1 / 断片: p66 (UNP residues 599 to 1153) / 変異: K172A, K173A, C258Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: ISOLATE BH10 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49531.871 Da / 分子数: 1 / 断片: p51 (UNP residues 605 to 1027) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, DNAポリメラーゼ, リボヌクレアーゼH |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 % |
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結晶化 | 温度: 279.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion, temperature 279.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→40.66 Å / Num. obs: 99442 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB entry 2zd1 解像度: 1.85→40.66 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 57.805 Å2 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 150.19 Å2 / Biso mean: 50.143 Å2 / Biso min: 0.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.66 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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