PDB-3d6p: RNase A- 5'-Deoxy-5'-N-morpholinouridine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d6p

タイトル

RNase A- 5'-Deoxy-5'-N-morpholinouridine complex

要素

Ribonuclease pancreatic

Pancreatic ribonuclease family

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Ribonuclease A /

ligand (リガンド) /

Endonuclease (エンドヌクレアーゼ) /

Glycation (糖化反応) /

Glycoprotein (糖タンパク質) /

Nuclease (ヌクレアーゼ) /

Secreted (分泌)

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease /

ribonuclease A activity / RNA nuclease activity /

nucleic acid binding /

lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Leonidas, D.D. / Zogrpahos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Morpholino, piperidino, and pyrrolidino derivatives of pyrimidine nucleosides as inhibitors of ribonuclease A: synthesis, biochemical, and crystallographic evaluation.
著者: Samanta, A. / Leonidas, D.D. / Dasgupta, S. / Pathak, T. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

履歴

登録	2008年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.percent_possible_obs
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d6p.cif.gz	70.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d6p.ent.gz	52.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/3d6p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3d6oC 3d6qC 3d7bC 3d8yC 3d8zC 2g8qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1o0f-1 4g90-1 3d6o-1 3d8z-1 5old-2 2qca-d 1z6s-1 6xhc-2 1o0m-1 1rhb-d 1qhc-1 1w4p-1 1w4q-1 1jn4-1 1wbu-2 6qmn-3 6pvu-1 1qhc-2 4g8v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (10) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

27.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.239, 32.823, 72.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.41, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / Pancreatic ribonuclease family / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-U2S / 1-(5-deoxy-5-morpholin-4-yl-alpha-L-arabinofuranosyl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 分子量: 313.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₃O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.42 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 4000, SODIUM CITRATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 31 / Num. obs: 31526 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.8 Å² / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 1573 / R_sym value: 0.147 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2G8Q

2g8q

解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 2.895 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21927	1557	5 %	RANDOM
R_work	0.18153	-	-	-
obs	0.18337	29458	98.39 %	-
all	-	31015	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	0.23 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.103 Å	0.101 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	22	311	2235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.242	1.942	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.731	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.76	25.227	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.711	15	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.546	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.172	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.658	1.5	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.099	2	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.693	3	776
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.663	4.5	654

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	114	-
R_work	0.205	2069	-
obs	-	-	94.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.4672	-0.2242	2.344	4.5506	9.0359	18.48	-0.0536	0.2333	0.843	-1.0543	0.6884	-0.3994	-2.2541	0.7331	-0.6348	0.2928	-0.1172	0.0925	-0.0698	-0.0057	-0.013	33.1603	15.1262	11.8441
2	3.5095	-0.8096	-0.4141	4.2051	0.8024	6.3631	0.081	0.1881	-0.0343	-0.1743	-0.0301	-0.1111	-0.2513	-0.071	-0.0509	0.0604	-0.0004	0.0202	0.0285	0.0122	-0.0036	29.2759	5.7692	7.7001
3	14.4841	-11.5597	-15.2576	19.3742	10.647	39.8524	-0.3698	0.6555	-0.3615	1.2094	0.3749	1.1041	0.3855	-3.4959	-0.0051	0.0123	0.0189	0.0495	0.3025	0.0372	-0.0622	24.6546	-5.1796	-1.8714
4	4.9798	2.2467	-0.4125	9.2695	4.7436	6.0274	0.0216	0.633	-0.0239	-0.6791	-0.0165	0.0323	-0.3749	-0.1009	-0.0051	0.0431	0.0119	0.0309	0.1018	-0.0307	-0.0527	33.7669	0.1868	-2.99
5	44.8303	-9.9178	-4.3925	6.7113	2.4179	2.0465	-0.0695	-0.9374	1.0342	-0.2762	0.4718	-1.1047	-0.4309	0.3442	-0.4023	0.0031	-0.074	0.0933	0.0168	-0.0565	0.0886	40.5769	6.3477	2.5273
6	1.6244	0.0032	-1.9239	0.9795	0.5032	3.4466	-0.0635	0.0116	-0.0766	-0.1109	0.0665	-0.0448	-0.1051	0.0143	-0.003	0.0313	0	0.002	0.0427	0.0064	0.0156	27.4469	1.1557	10.3736
7	5.2829	0.357	1.1887	1.0312	-0.214	2.4311	0.0005	-0.0144	-0.1016	0.0226	0.02	-0.0818	-0.044	-0.1217	-0.0205	0.0338	0.0039	-0.0004	0.0305	0.0077	0.0344	28.4138	-1.8143	24.0593
8	9.5375	1.6068	-5.0634	1.0522	-0.8421	4.1963	-0.2741	0.0714	-0.4231	-0.2416	0.1216	-0.3559	0.3263	0.2415	0.1526	0.0346	-0.0001	0.058	0.0267	-0.0543	0.0593	38.3818	-4.6478	2.0918
9	2.0457	0.9448	-2.3502	0.9358	-0.338	3.8186	-0.1827	0.1025	-0.3749	-0.0977	0.0604	-0.191	0.3464	-0.0357	0.1224	0.04	-0.008	0.0112	0.026	-0.0335	0.0275	30.0729	-8.0598	6.2876
10	1.7291	-0.3511	0.0282	4.0257	0.4828	2.1521	-0.0382	-0.0236	0.0827	-0.057	0.062	-0.0227	-0.0791	-0.1259	-0.0238	0.0339	0.0088	-0.0015	0.0252	0.0042	0.03	29.5699	3.9029	19.1805
11	4.0384	0.2409	1.1434	2.0898	-0.1712	4.818	0.0131	0.1486	-0.1992	0.1236	0.1653	-0.0586	0.1804	0.0537	-0.1784	0.0163	0.0035	-0.0016	0.0368	-0.0074	0.0337	16.1774	-4.9416	30.3592
12	81.3737	-17.5725	28.3624	5.8275	-8.1429	11.8892	-0.7946	-1.9839	5.3744	0.0064	0.1121	-0.5497	-1.0954	-0.0432	0.6825	0.2454	-0.0425	0.0421	0.2869	-0.0721	0.3066	10.9656	10.9049	21.8625
13	6.9683	-4.6126	0.746	11.843	-1.4918	0.1932	0.2576	0.8589	-0.0642	-1.0917	-0.4102	0.1556	-0.0448	0.1191	0.1526	0.0779	0.0139	-0.0084	0.1237	0.0058	-0.0912	9.8738	-0.9694	19.2951
14	2.8973	2.1907	-2.7751	11.4915	12.5581	45.2922	0.2279	0.1264	-1.4126	0.5553	0.2249	-0.2365	3.1268	1.0019	-0.4527	0.1346	0.0881	-0.0739	-0.0242	-0.0918	0.1606	5.3904	-10.8507	21.3982
15	1.3009	-0.1851	0.8861	1.3862	1.0912	1.6933	-0.0483	0.1258	0.0378	-0.0967	0.0484	0.0246	-0.0675	0.0313	-0.0001	0.0116	-0.013	0.0061	0.0202	0.0152	0.0275	13.5222	3.5931	33.4997
16	6.7206	4.7668	0.7284	9.4315	2.2192	0.5581	-0.1	-0.17	-0.2975	0.1352	0.0988	0.3401	0.1573	-0.0904	0.0011	0.0145	-0.0121	0.008	0.0218	0.0471	0.0453	7.7994	-2.4987	46.6774
17	0.7267	0.4124	-0.0783	0.6856	0.5461	0.7806	-0.0417	0.045	0.0383	-0.0691	-0.0228	0.0576	-0.0626	-0.0531	0.0644	0.0183	0.0083	-0.0176	0.0089	0.0068	0.0462	9.1908	5.5141	38.7281
18	5.6556	-5.4373	-2.8623	7.3882	6.0166	10.3505	0.2376	0.9221	-0.6281	-0.6665	-0.4648	0.5656	0.4603	-0.6327	0.2272	0.0549	-0.0175	-0.0626	0.0465	-0.1117	0.0286	-1.2997	-5.2757	17.1666
19	1.6325	0.7242	2.2544	1.5546	1.9114	5.6282	-0.1633	0.0944	0.0655	-0.2297	0.0157	0.1802	-0.4442	-0.1598	0.1476	0.0338	0.0073	-0.045	0.0303	0.021	0.046	3.9433	7.2694	29.0816
20	4.8151	-1.8145	0.7759	2.0024	-0.9905	3.0855	-0.0285	0.0376	-0.1081	-0.0721	-0.0171	0.1069	0.0767	0.0413	0.0456	0.0478	-0.0141	-0.0061	0.009	0.0028	0.0485	13.0433	-2.8637	40.345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 6	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	7 - 16	7 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	17 - 23	17 - 23
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	24 - 32	24 - 32
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	33 - 39	33 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	40 - 58	40 - 58
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	59 - 77	59 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	78 - 95	78 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	96 - 106	96 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	107 - 124	107 - 124
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	1 - 15	1 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	16 - 23	16 - 23
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	24 - 36	24 - 36
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	37 - 41	37 - 41
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	42 - 58	42 - 58
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	59 - 70	59 - 70
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	71 - 84	71 - 84
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	85 - 96	85 - 96
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	97 - 106	97 - 106
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	107 - 124	107 - 124

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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