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万見
- PDB-3cpr: The crystal structure of Corynebacterium glutamicum dihydrodipico... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cpr
タイトルThe crystal structure of Corynebacterium glutamicum dihydrodipicolinate synthase to 2.2 A resolution
要素Dihydrodipicolinate synthetase
キーワードLYASE (リアーゼ) / (beta/alpha)8-barrel fold with a C-terminal alpha-helical segment / Amino-acid biosynthesis / Cytoplasm (細胞質) / Diaminopimelate biosynthesis / Lysine biosynthesis (リシン) / Schiff base (シッフ塩基)
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / 細胞質
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rydel, T.J. / Sturman, E.J. / Rice, E.A.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: Characterization and crystal structure of lysine insensitive Corynebacterium glutamicum dihydrodipicolinate synthase (cDHDPS) protein.
著者: Rice, E.A. / Bannon, G.A. / Glenn, K.C. / Jeong, S.S. / Sturman, E.J. / Rydel, T.J.
履歴
登録2008年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02018年5月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthetase
B: Dihydrodipicolinate synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2922
ポリマ－63,2922
非ポリマー00
水6,990388
1
A: Dihydrodipicolinate synthetase
B: Dihydrodipicolinate synthetase

A: Dihydrodipicolinate synthetase
B: Dihydrodipicolinate synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,5844
ポリマ－126,5844
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8790 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area41700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.300, 54.810, 98.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthetase


分子量: 31646.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: dapA / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q546B6, UniProt: P19808*PLUS, dihydrodipicolinate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT RESIDUE 269 IS LEU ACCORDING TO THE DENSITY MAPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein: 9.1 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.1M KCl, 10 mM pyruvate. precipitant: 24%(w/v) PEG6000, 50 mM NaH2PO4. 10 uL droplets (5uL protein + 5 uL precipitant) suspended over 1mL of ...詳細: protein: 9.1 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.1M KCl, 10 mM pyruvate. precipitant: 24%(w/v) PEG6000, 50 mM NaH2PO4. 10 uL droplets (5uL protein + 5 uL precipitant) suspended over 1mL of precipitant solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 28771 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Num. unique all: 2100 / Χ2: 0.751 / % possible all: 70.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
CNX精密化
精密化開始モデル: PDB entry 1DHP was used to get an initial MR structure solution. A better MR starting solution resulted later when PDB entry 1XXX was made available for use.

1dhp

1xxx


解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The active site lysine residues (176a, 176b) form a Schiff base complex with pyruvate. Proline residues 282a, 282b are cis-prolines.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2680 9.4 %10% of data
Rwork0.212 ---
obs0.228 26969 95.7 %-
all-27767 --
原子変位パラメータBiso mean: 13.105 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.313 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4418 0 0 388 4806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0091.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.2-2.340.25994180.211X-RAY DIFFRACTION4120
2.34-2.520.23754180.1824X-RAY DIFFRACTION4375
2.52-2.770.25964620.2066X-RAY DIFFRACTION4482
2.77-3.170.26154570.2019X-RAY DIFFRACTION4571
3.17-3.990.23454600.1889X-RAY DIFFRACTION4695
3.99-200.2844650.2531X-RAY DIFFRACTION4726
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep_mcl7.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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